Россия, несмотря на тяжёлые потери, продолжала военные действия против Наполеона. Александр I не терял надежды поднять Пруссию против Наполеона, державшего свои войска на германской территории и отказывавшегося их убрать. Наполеон относился к Пруссии крайне бесцеремонно. Сначала он допускал мысль об образовании ею, вместе с Саксонией, Гессен-Касселем, Мекленбургом, Ольденбургом, Голштинией, ганзейскими городами и другими, Северогерманского союза или даже «империи», но затем, ничего не сообщив Пруссии, организовал Рейнский союз, приказал своим дипломатам мешать устройству какого бы то ни было другого немецкого союза. Пруссия была недовольна и замаскированным присоединением к Франции Голландии. Наконец, в Берлине узнали ещё, что, сделав попытку мирных переговоров с Англией, Наполеон выразил готовность возвратить ей Ганновер15, который на тот момент был оккупирован Пруссией. Всё это привело к резкому ухудшению франко-прусских отношений и образованию осенью 1806 года Четвёртой антинаполеоновской коалиции в составе Пруссии, России, Англии, Швеции и Саксонии.

Александр всячески уговаривал Фридриха Вильгельма III выступить против Наполеона. И, наконец, разрыв между Францией и Пруссией окончательно произошёл, причём раньше, чем ожидал Александр I. Фридрих Вильгельм III, как человек слабохарактерный, долго не решался, а потом вдруг решился и 1 октября 1806 года выдвинул Наполеону ультиматум, предложив ему немедленно убрать французские войска с немецкой территории, и не чинить препятствий Пруссии образовать Северогерманский союз, грозя в противном случае разрывом отношений. Всё это случилось так неожиданно, что Александр I не успел даже стянуть свои войска для поддержки Пруссии.

Наполеон же прусский ультиматум оставил без ответа, и немедленно атаковал прусские войска. И уже 14 октября 1806 года Наполеон нанёс пруссакам жестокое поражение при Йене, а маршал Даву при Ауэрштедте.

В результате этих сражений пруссаки потеряли более 20000 человек убитыми и ранеными, 18000 пленными. Большая часть прусской артиллерии оказалась в руках французов.

27 октября, то есть менее чем через две недели после Йенской катастрофы, император французов с триумфом въехал в Берлин. Моральное состояние пруссаков было столь сильно подавлено, что всего через месяц после начала войны, то есть 8 ноября 1806 года Наполеону сдался хорошо укреплённый Магдебург. Кроме того, с 15 октября по 5 января 1807 года французам сдались крепости: Эрфурт, Шпандау, Штеттин, Кюстрин, Ченстохова, Хамельн, форт Плассенбург, Глогау и Бреславль. Пруссия пала. Победа французского оружия в кампании 1806 года была полной, сокрушительной и безоговорочной. Правительство, генералитет и народ Пруссии были подавлены и отказались от дальнейшего сопротивления Наполеону. В руках пруссаков остались лишь две крепости в северо-восточном углу королевства – Данциг и Кёнигсберг, позади которых Фридриху Вильгельму и пришлось укрыться в маленьком городке Мемеле на Немане у самой русской границы.

После разгрома Пруссии противником Франции оставалась только Россия. Решительность Александра I в продолжении войны теперь обусловливалась более вескими причинами, чем в 1805 году. Продвижение французских войск на восток от Берлина довольно явственно грозило русским границам. Кроме того, к Наполеону явилась делегация поляков с просьбой восстановить самостоятельность Польши. А это уже прямым образом затрагивало политические интересы России. Наконец, Александр I, будучи прозорливым политиком, прекрасно понимал, что после объявления 21 ноября 1806 года континентальной блокады Англии Наполеон не остановится, пока не заставит Россию примкнуть к ней. А это грозило экономическим интересам Российской империи, которая была связана крепкими торговыми узами с Англией, куда поставлялось большинство русской сельскохозяйственной продукции.