Возрождение монастыря связано с именем игумена Варлаама, избранного на эту должность в 1556 г. С детства будущий игумен слушал много рассказов о святых подвижниках от своего прадеда – иеромонаха Серапиона, современника Сергия Радонежского и Стефана Махрищского, оставившего первые письменные сведения о жизни махрищского подвижника. В управление монастырем Варлаам вступил в том время, когда монастырь еще не оправился от пожара и претерпевал большую нужду.

В 1557 г. при проведении работ для нового храма, были обретены нетленные мощи прп. Стефана. Когда гроб раскрыли, на дальнее пространство разлилось дивное благоухание, а на самих мощах лежал кожаный пояс с изображением двунадесятых праздников. По распоряжению митрополита Макария, этот пояс был помещен в крест, от которого пошли исцеления. По велению игумена Варлаама были составлены житие и служба прп. Стефану, которые игумен представил царю Ивану Васильевичу IV и митрополиту Макарию. С давних времен в монастыре существовало предание, что после обретения мощи прп. Стефана почивали поверх земли и только наступившее лихолетие побудило иноков снова скрыть их под спудом. В XVII в., когда монастырь был приписан к Троице-Сергиевой лавре, над гробом преподобного была поставлена медно-посеребреная гробница. В 1906 г., при праздновании пятисотлетия прославления прп. Стефана, гробница была заменена медно-позлащенной, с возвышающейся над ней сенью в дренерусском стиле. Благоговейно хранили в монастыре и жезл, по преданию, принадлежавший прп. Стефану.

В 1558 г. был построен каменный Троицкий храм, богослужебную утварь для которого прислали царь Иван Васильевич и царица Анастасия Романовна.

В 1560 г., после четырехлетнего управления обителью, игумен Варлаам был отправлен на восстановление Авнежского монастыря, а через десять лет был хиротонисан в епископа городов Суздаля и Тарусы. Тринадцать лет он находился на этой кафедре, но не забывал и Махрищского монастыря. Ослабев и чувствуя приближение кончины, в 1583 г. преосвященный Варлаам оставил архиерейский престол и удалился в Махрищский монастырь, взяв с собой келейную Тихвинскую икону Божией Матери. Эта икона впоследствии прославилась чудотворениями. Ее носили по селам, а с начала XX в. с нею совершались крестные ходы – в Киржач, окрестные села, даже в Московскую епархию. 21 августа 1583 г. владыка Варлаам скончался. Его похоронили, согласно завещанию, с северо-западной стороны Троицкого собора. При перестройке собора в 1906 г. гроб его оказался внутри церкви. В том же году над его гробом была поставлена прежняя рака прп. Стефана.

Тяжкое разорение постигло обитель в советские годы. В 1993 г. на ее территории воздвигли первый крест. Началось постепенное восстановление монастыря как скита Успенского монастыря Александрова. В 1995 г. Лукианова пустынь получила самостоятельность.

Лукианова Рождество-Богородицкая мужская пустынь на Болоте. В десяти верстах к северу от Александрова находится монастырь Лукианова пустынь. Его история началась с 1594 г., когда приходской священник Григорий построил в существовавшем здесь с. Игнатьево деревянную церковь во имя Рождества Пресвятой Богородицы.

По прошествии некоторого времени, храмовая икона Рождества Пресвятой Богородицы троекратно являлась в трех верстах от церкви, в месте называвшемся Псковитино Раменье (Богородицкое), среди леса. Посоветовавшись с прихожанами, Григорий отправился в Москву, рассказал Патриарху Иову о дивных событиях и просил благословения перенести церковь в Псковитино Раменье. Патриарх дал свое благословение. Отец Григорий перенес церковь на новое место и сам поселился при ней. А в Игнатьево, на старом церковном месте поставили часовню. Во время литовского разорения церковь была разграблена, а священник Григорий пропал без вести.