После кончины свт. Федора (конец X – начало XI вв.) христианство ослабело в Ростово-Суздальской земле. Главной причиной было отсутствие проповедников. После второго епископа Илариона, бежавшего от ростовских фанатиков, епархия вдовствовала около восьмидесяти лет. В Суздальской земле усилились языческие суеверия, о чем свидетельствуют события 1024 и 1071 гг.

В 1024 г. Ростово-Суздальская земля терпела сильный голод. Воспользовавшись этим, волхвы подняли среди народа такое сильное волнение, что для его усмирения потребовалось вмешательство княжеской власти. Так, в 1024 г. в Суздаль явился сам великий князь Ярослав, а Суздаль впервые был упомянут в документах.

В 1096 г., в ходе усобицы князя Олега Черниговского с детьми Владимира Мономаха Изяславом и Мстиславом, князь Олег сжег Суздаль. При Юрии Долгоруком Суздаль был главным городом Ростово-Суздальской области, и резиденцией великого князя. В конце XII столетия в Суздале появляется первый монастырь – обитель св. Димитрия Солунского, основанная Киевским митрополитом блаж. Ефремом.

В 1194 г. Всеволод III возобновил и украсил Богородице-Рождественский собор. В его княжение в конце XII в. епископ ростовский Иоанн основал в Суздале Козмодемьянский мужской монастырь, а в 1207 г. – Ризоположенский монастырь. В первой половине XIII в. в Суздале существовал еще один женский монастырь – Введенский, разоренный татарами в 1237 г.

С XIV до XIX вв. в Суздале жили и имели кафедру епископы, архиепископы и митрополиты, а епархия называлась Суздальской. При семитысячном населении, в городе насчитывалось до тридцати церквей.

В 1352 г. на Суздальскую кафедру был переведен св. епископ Иоанн (13521363). Он управлял епархией одиннадцать лет. Соборные служители уговорили перводиакона Елевферия оклеветать святителя. Народ поверил этим слухам, 6 сентября горожане ворвались в архиерейский дом и с поруганием выгнали святителя из города. Епископ Иоанн, снеся все молча и великодушно, покинул Суздаль, и за городом, преклонив колена к востоку, стал молить Бога простить оклеветавших его священнослужителей. В ту же минуту, все его клеветники ослепли. Они в страхе пали перед святителем на колени и просили у него прощения. По молитвам епископа, клеветники прозрели и дали обет исправить свою жизнь. На месте молитвы св. Иоанна суздальцы построили храм во имя Чуда Архистратига Михаила в Хонех[7], которое Церковь празднует 6 сентября.

Достигнув преклонных лет, свт. Иоанн оставил епископскую кафедру, принял схиму, удалился в Боголюбов монастырь, где и скончался 15 октября 1372 г. Погребен он был в Суздальском соборе.

В эпоху татарских нашествий, в XIII и XIV вв. в Суздале умножались монастыри, на которые князья не жалели денег: в 1240 г. св. блгв. князь Александр Невский основал в Суздале Александровский девичий монастырь, в 1352 г. князь Борис Константинович построил Спасо-Преображенский, в 1364 г. князь Андрей Константинович положил начало Покровскому монастырю.

В 1328 г. Суздаль, в отличие от своего ближайшего соседа Владимира, не примкнул к Москве, а образовал вместе с Нижним Новгородом и Городцом на Волге, отдельное княжество. К Москве Суздальское княжество было присоединено к Москве великим князем Василием Дмитриевичем, и обращено в наместничество.

В церковной жизни Суздаля XV в. не произошло каких-либо значимых событий. Из епископов этого времени прославились Авраамий и Филипп. Епископ Авраамий (1431–1452), в числе многих духовных и светских лиц, среди которых был и некий Симеон Суздальский, сопровождал в 1437 г. на Флорентийский собор митрополита Московского Исидора. В 1449 г. Авраамий, тогда уже в сане митрополита, как один из древнейших иерархов Русской Церкви, был на поставлении в митрополиты епископа Рязанского. Епископ Филипп (1452–1464), в 1464 г., за свою благочестивую жизнь, великим князем Иваном Васильевичем III, был избран во Всероссийские митрополиты.