Тело Андрея Боголюбского было выброшено убийцами в сад. На месте, где оно лежало, впоследствии была выстроена деревянная часовня. В северной стене этой часовни был вделан загадочный камень, выпуклый с трех сторон, напоминающий человеческую голову.

На следующий день после гибели князя Андрея, его верный слуга Козма поднял тело его, принес в церковь, но она была заперта, и положил на паперти, прикрыв ковром. Так тело лежало двое суток, под присмотром Козмы. На третий день в Боголюбов пришел Козмодемьянский игумен Арсений, и совершил отпевание.

После убийства князя Андрея, народ начал грабить Боголюбово и Владимир. Тогда, чтобы усмирить толпу, священник Николай, прибывший когда-то с князем Андреем из Вышгорода, вышел на улицы города в полном облачении, с Владимирской иконой Божией Матери.

На шестой день кончины князя (5 июля), когда бунт и смятения в Боголюбове поутихли, игумен Феодул, духовенство и граждане владимирские, взяли гроб князя и перенесли его во Владимир. Навстречу им большими толпами шли горожане. Андрей Боголюбский был погребен в Успенском соборе.

Убийцы князя были казнены. Одни великим князем Михаилом Георгиевичем, другие великим князем Всеволодом Георгиевичем, который, как говорит предание, Кучковичей, как более виновных, приказал зашить в короба и, засмолив, бросить в реку. В семи верстах на юго-запад от Владимира, в бору, есть Пловучее озеро. По местному преданию, тут и были утоплены Кучковичи.

С кончиной князя Андрея Боголюбов утратил свое значение. Последующие века не оставили от его древней славы никаких следов. Память о тех далеких временах в нынешнем Боголюбове хранят постройки князя Андрея XII в., сохранившиеся до наших дней, хотя и частично перестроенные впоследствии. После татарского нашествия уцелела часть княжеского дворца, она является редчайшим памятником гражданского зодчества XII столетия. У входа в древнекняжеские сени в неприкосновенности сохранялась ниша куда, по преданию, скрылся раненный князь Андреи, где он был найден убийцами и умертвлен. К северной стене храма примыкает небольшое помещение, сообщаемое с храмом посредством окна. Помещение это связывают с моленной комнатой семьи Андрея Боголюбского.

Недалеко от входа в храм, на месте явления Богоматери Андрею Боголюбскому, находится Святой шатер на четырех столбах, покрывающий круглую чашу, из которой будто бы Андрей Боголюбский раздавал милостынь и в которой торжественно освящали воду в день св. Леонтия. Святые ворота с церковью св. апостола Андрея Первозванного в 1683 г. были перестроены.

Во второй половине XIV в. в Боголюбове монастыре принял схиму св. Суздальский епископ Иоанн, оставивший кафедру после присоединения Суздаля к московской митрополии.

К XVII в. небольшая слободка при монастыре переросла в с. Боголюбово. В 1628 г. в вотчине монастыря упоминается церковь Богоотец Иоакима и Анны. В 1645–1647 гг. встречаются сведения о ее служителях – священнике Федоре Савинове, дьячке Левке Ильине и просвирницы Марьицы Марькеловой. В 1703 г. была построена новая церковь с прежним посвящением.

При учреждении штатов, Боголюбов монастырь был определен в третьем классе, но после переведен во второй.

В 1771 г. было установлено новое празднество Боголюбской иконе, в тот же день 18 июня, в память избавления жителей Владимира и его окрестностей от морового поветрия. В память этого был установлен крестный ход, которым 21 мая икону приносили во Владимир, а 16 июня возвращали в монастырь.

К началу XIX в. деревянные церкви Рождества Христова и Богоотец Иоакима и Анны пришли в ветхость. Вместо них была построена новая каменная двухэтажная церковь. В 1830 г. был освящен престол в нижнем этаже в честь Рождества Христова, в 1857 г. престол в верхнем этаже в честь св. прав. Иоакима и Анны. В 1855–1868 гг. была построена церковь еще одна церковь – Успения Божией Матери с приделами Симеона Богоприимца и свв. апостолов Петра и Павла.