Амир Темур умирает в феврале 1405 года в городе Утрор. Тело Тимура было привезено в Самарканд и захоронено в мавзолее рядом с ханака и медресе его внука Мухаммада Султана. Прежде всего, выше мы упоминали, что Тимур завещал похоронить себя в родном Шахрисабзе (Кеше). По словам Ибн Арабшаха, Тимур родился в местности под названием Ходжа Ильгор на окраине Шахрисабза, а по словам Шарафуддина Али Язди, здесь были похоронены отец Темура Тарагай Бахадур, дед, дядя, некоторые его дети и родственники. Но в своем завещании Амир Темур потом приказал похоронить его в Самарканде, у ног своего наставника Сайеда Барака.

Шарафеддин Али Язди пишет: «Поскольку в последние минуты своей жизни Сахибкиран Тимур завещал себя похоронить у ног своего наставника Мир.

Сайеда Барака, через некоторое время привезли тело Сайеда Бараки из города Андхуд в Афганистане и похоронили в мавзолее Мухаммада Султана. По своему завещанию Амир Тимур лежал у ног своего духовного наставника. Амирзада Мухаммад Султан также был помещен под этот купол, и они построили «мазжу» (гробницу) рядом с духовным наставником. Поэтому понятно, что именно в это время началось первое формирование ханака под мавзолей и что тела Темура и его внука были перезахоронены в другом месте мавзолея.

После смерти Амира Тимура Халил Султан (сын Мироншаха), незаконно занявший престол Самарканда, в целях оправдания своих действий объявил девятилетнего Мухаммада Джахангира, сына покойного наследного принца Мухаммада Султана (и племянника Пирмухаммада Султана) ханом, и тем самым укрепляет власть.

Халил Султан был экстравагантен и украсил мавзолей своего деда различными драгоценными материалами и тканями вопреки исламским убеждениям. Чтобы понравиться эмирам, главнокомандующем и полководцам, он развеял прах несметного сокровища, которое Амир Тимур собирал за 35 лет (за четыре с половиной года своего царствования) (если бы не это сокровище он не смог бы править ни одного дня). Дело в том, что власть над этим поэтическим принцем, преданного вечеринкам, газелям и разбазариванию государственной казны, принадлежало его жене Шодмулк и это часто вызывала гнев у придворных. Эта женщина сначала была наложницей Амира Сайфуддина, а позже соблазнила Халила Султана. Из-за этого система государственной работы была нарушена, известные деятели были уволены, а работа правительства была передана преступникам.

Когда-то властелин Амир Тимур приказал казнить эту женщину за то, что она вскружила голову принцу Халил Султану (ибо властелин понял, на что были способны ее козни, а дальнейшие события показали, насколько Амир Тимур был прав). Однако вмешиваются другие принцессы и спасают ее. Когда к власти пришел Халил Султан, эта женщина раздала новым эмирам всех благосклонных к ней принцесс. Историки всех времен подчеркивали, что падение власти Халил Султана началось с этой непритязательной женщины. В результате в 1409 году Амир Худойдад, один из министров Халила Султана, поднял мятеж, сверг его с престола и заключил в крепость Шахрухия.

Шахрух-мирза, опасавшийся, что трон Самарканда выйдет из-под контроля династии Тимуридов, пришел из Герата с большим войском и занял Самарканд. После этого освободил Халила Султана из крепости Шахрухия, отпустил грехи племянника и отправил его правителем город Рэй. Халил Султан прожил в том регионе два года, заболел и вскоре умер 16 раджаба 814 года (3 ноября 1411 года). В Самарканде правителем был назначен старший сын Шахруха Улугбек Мирза. Так начинается период почти сорокалетнего правления и научной деятельности Улугбека Мирзы в Самарканде.