Существенное значение в развитии христианской концепции души имела и патристическая литература, в частности произведения таких богословов, как Григорий Нисский, Василий Великий, Григорий Богослов и другие восточные отцы церкви. Восточная православная традиция уделяла особое внимание пониманию души как образа Божьего (именно душа – отражение духовных качеств Бога в человеке). Душа в этой концепции отвечает за добродетель, милосердие, любовь и православные мистические практики очищения, такие как исихазм, направлены именно на переживание живого присутствия Бога в душе посредством молитвы, безмолвной и глубокой внутренней концентрации.

Западная схоластика эпохи Высокого Средневековья раскрыла понятие души более систематично и детально. Особенно большую роль в формировании систематического подхода к душе сыграли труды Фомы Аквинского, Альберта Великого, Бонавентуры, Ансельма Кентерберийского и других схоластов. Важным источником стал перевод Аристотеля и сочинений арабских комментаторов, таких как Ибн Сина (Авиценна) и Ибн Рушд (Аверроэс). Для схоластов душа являлась особой субстанцией, определяемой как "форма тела", согласно формуле Фомы Аквинского, позаимствованной у Аристотеля. Душа у схоластов есть то, что животное или человека делает действительно живым и разумным существом.

Фома Аквинский особо подчеркивал, что душа – форма тела, однако она неслучайно соединена со своим телом: она создана Богом уникально для этого конкретного тела и направлена на то, чтобы осуществить природные цели, замысленные Богом. Согласно Аквинскому, душа человека не просто жизненная форма (как у животных), но еще и разумная субстанция, обладающая бессмертием. Эта идея четко выражена им в трудах «Сумма теологии» и «Сумма против язычников». Душа способна существовать самостоятельно после смерти тела, поскольку ее основной способ деятельности – интеллект и воля – нематериальны по сути своей, а нематериальность подразумевает бессмертие.

Философ францисканского ордена Бонавентура рассматривал душу преимущественно с мистических и духовных позиций. По его мысли, душа представляет собой посредника между миром божественным и земным, способного к восприятию Бога в созерцании и экстатических духовных видениях. Все духовное развитие человека заключается в постепенном очищении и преображении души, что позволяет достичь блаженного созерцания и единения со своим Творцом. Бонавентура, следуя линии Платона и Августина, наиболее отчетливо подчеркивал мистическое предназначение души и необходимость её полного очищения ради единения с Богом.

Оригинальные размышления о душе представлены и в философии Иоанна Скота Эриугены, раннесредневекового мыслителя. Им развивалась концепция души как части божественной субстанции, которая возникает от Бога и вновь в Нем растворяется, будучи, тем самым, не до конца отличной от самого Абсолюта. Душа, по Эриугене, – динамичный процесс божественного происхождения и возвращения, символ единства творения и Творца.

Средневековая мистика (Мейстер Экхарт, Генрих Сузо, Иоганн Таулер) также внесла важный вклад в концепцию души, акцентируя внимание на глубинных уровнях её внутреннего существования. В мистической традиции душа понимается как тайная обитель, внутренний замок духа (это многократно подчеркивает и поздняя средневековая мистикесса Тереза Авильская), место молчаливой и глубокой встречи с Божественной сущностью. Мистики утверждали возможность непосредственного единения души и Бога, трактуя духовную жизнь как постоянное восхождение души к своему Источнику.