8 июня Алексей Михайлович указал отправить всех казаков их на службу в полк князя Ивана Хованского, и пожаловать их деньгами. Однако, в связи с тем, что казаки попытались отбить в Приказе Василия Спиридонова, их жалованье было уменьшено. Атаману было указано выдать семь рублей, есаулу шесть рублей и казакам по 5 рублей.

В июне 1664 года, войско, по просьбе Алексея Михайловича отправило в Россию ещё один казачий отряд в 387 человек, вышедший в Тулу для участия в военных действиях против Речи Посполитой. Возглавлял его атаман Василий Ус, в будущем, один из сподвижников Степана Разина.

Известно ещё о двух донских казачьих атаманах: Василии Леонтьеве и Григории Петрове. Согласно столбцам Белгородского стола, отряд атамана Леонтьева находился «во псковском порубежном пригороде» Опочке в обстановке «безпрестанных» боев с «полскими и литовскими людми». Отряд атамана Петрова, согласно столбцам Новгородского стола, находившихся на государевой службе на Опочке «третей год».

12 октября 1664 года, Алексей Михайлович указал князю Борису Репнину отправить донских казаков, прибывших на государеву службу, в полк князя Ивана Хованского под Ржев, выдав им жалованье «… по прежнему нашему Великого Государя указу». Всего на службу было отправлено 197 казаков во главе с атаманом Иваном Болдырем. Однако часть казаков вернулась на Дон, часть отстала из-за болезни и умерло. Всего к Хованскому явилось 169 человек.

Тем временем, бывшие с прошлого года в полку князя Хованского, 150 донских казаков атамана Василия Леонтьева, жаловались царю на выплату им жалованья медными деньгами (по 50 рублей), которые через три дня после выдачи жалованья, были отменены царским указом. В результате чего «И ныне мы, холопи твои, стоим в порубежном городе, помираем голодною смертью, купить нечим и не у ково, все мужики обвоёваны и порублены. М морским козаком, дают твоё государево денежное жалованье и месячный хлеб, а только они служат другой год, а нам, холопем твоим, твоего государева денежного жалованья и хлеба не дают».

Ещё один отряд донских казаков атамана Макара Чекунова, осень 1664 г., атаман. Так же отправил царю челобитную, прося их отпустить на Дон. Так как после ряда ожесточённых боев, согласно челобитной станицы М. Чекунова, из отряда в 200 человек осталось лишь 25, остальных «побили и в полон поимали».

Между тем, в начале августа, произошёл окончательный разрыв между казаками и воеводой Косоговым. Не получив с Дона смены, они самовольно ушли в Главное войско. А воевода жаловался на них царю: «Иные рейтары, солдаты, казаки и черкасы перед походом, и из похода, не дождавшись боя, побежали домой».

Осенью 1664 года из Войска Донского с отрядом казаков в 150 человек, вышел атаман Кузьма Федоров (Курилин). Его отряд входил в более крупное формирование атамана В. Родионова. В этом же году отряды обоих атаманов, вышли на службу. Вскоре атаман К. Федоров просил воеводу князя П. А. Долгорукого отпустить его обратно на Дон, поскольку казаки понесли потери в ряде неудачных боев русских войск с поляками и были «разорены». Из отряда в 500 человек, как сказано в казачьей челобитной, осталось в живых 150 человек, остальные же были «волею Божию побиты». Впрочем, скорее всего, часть казаков самовольно ушла со службы, а отряд К. Фёдорова шел к Москве проселочными дорогами, чтобы его не задержали.

Осенью 1664 г. недавние союзники казаков, калмыки, вторглись в пределы Войска Донского. Большая калмыцкая орда устроила настоящий погром верховых казачьих городков. Так в своей отписке белгородскому воеводе Л. Кобякину, казаки писали, что в октябре «калмыцкие люди, многие казачьи верховые городки «… без остатку разорили и скот отогнали, и отоманов и казаков многих порубили и переранили и жон и детей их в полон поимали». Всего в плен попало несколько сот казаков, их жён и детей. Калмыцкий набег произошёл в то время, когда многие казаки находились в Главном Войске.