В апрельской отписке в Москву, казаки, кроме всего прочего, жаловались Алексею Михайловичу на понесённые Войском Донским расходы по приёму и «прокормлению» на Дону русских послов и посланцев: «А приезжают к нам, холопям твоим, из Запорог, и из Калмык посланцы для твоих государевых дел и совету, и мы им честь всякую воздаём, и на дорогу запас им всякой даём же».

В этом году казаки, как и прежде с суши и моря воевали Крым и азовские предместья. Часть донских казаков ещё с прошлого года находилась в Запорожской Сечи, вместе с воеводой Косоговым, постоянно тревожа перекопских татар опустошительными набегами. Но между казаками, и царским воеводой начались размолвки и трения, грозящий перейти в открытый разрыв.

Тем временем война между Россией и Польшей становилась всё ожесточённей. По словам историка Ключевского, «Москва и Польша казалось, были готовы выпить друг у друга последние капли крови». Алексей Михайлович, испытывая острый недостаток в хорошо обученных и подготовленных войсках, в своей грамоте на Дон просил Войско Донское и атамана Яковлева, помочь ему в войне с поляками, казачьими полками. Круг, выслушав государеву грамоту, согласился отправить весной 1665 г. казаков на помощь царским воеводам.

С другой стороны, бояре, дворяне и дети боярские, требовали срочных мер по сыску и возврату беглых крестьян, а воеводы украинных городов, жаловались на массовое бегство на Дон служилых и посадских людей. В результате этого правительство оказалось в сложном положении. С одной стороны, правительству были нужны боеспособные казачьи полки, с другой стороны страдали интересы служилого дворянского сословия. В результате Алексей Михайлович, всё же решил усилить розыск и велел своим указом «имать» беглых из находящихся в России казачьих отрядов.

Так в мае 1664 г. в Москву прибыл казачий отряд атамана Кондрата Михайлова. Донцы подали челобитную в Разрядный приказ, для зачисления их на службу. В начале июня челобитная была удовлетворена, и их было велено отправить в полк воеводы И. А. Хованского. Казакам было выплачено жалованье «… против их братьи донских казаков»: атаману 10 руб., есаулу 9 руб., рядовому казаку по 8 руб. Но в день выдачи жалованья, 9 июня, группа дворян опознала среди казаков беглого человека: «… учеш у тех казаков иматца за беглого человека». Однако казаки отказались его выдать и набросились на дворян: «… бросясь на них многолюдством, учати их бить и беглого человека у них отымать». Но дворяне успели увести беглого в разрядную избу, где драка продолжилась. На шум прибежали караульные стрельцы «… изымав ис тех казаков человек с пятнадцать» и отвели их в Стрелецкий приказ. Действия казаков власти расценили как «воровство» и бунт.

В результате проведённого сыска, беглого холопа было велено вернуть хозяину. Главному возмутителю спокойствия, казаку Емельянову, велено «отсечь два перста» (пальца); «трёх человек пущих заводчиков», в присутствии других казаков, у Разряда «… бить кнутом на козле нещадно. После этой экзекуции, всех четверых сослать «на вечное житьё» в Сибирь. Остальных 14 казаков, было велено отдать атаману, а всех приставших по дороге в Москву к донцам беглых, выдать служилым людям. Таковых оказалось 10 человек из 100.

Этим беглым человеком оказался Василий Спиридонов, кабальный человек дворянина Льва Исакова. Согласно челобитной последнего, тот бежал от него два года назад, прихватив с собой, а лошадей и денег, ружья и платья и всякой служилой рухледи снёс на двести рублёв». В этом же, 1664 году, Спиридонов придя в дом дворянина, вновь обокрал его, обесчестил жену и подговаривал крестьян и дворовых людей уйти с ним.