Однако в системе казачьего самоуправления отсутствовали механизмы самозащиты в случае наступления неблагоприятных перемен и попыток отдельных групп казачества узурпировать власть и навязать свою волю войсковому кругу. Несовершенство войскового права, отсутствие писаного права и поста войскового судьи, юридическая неоформленность ведущих институтов казачества – атаманства и войскового круга – предопределили печальную судьбу казачьей квазигосударственности. Когда на Дону усилился приток беглых крестьян, увеличилось число голытьбы, и одновременно возросли амбиции казачьей старшины, казачья военная демократия стала давать сбои и вошла в состояние кризиса.

Московское правительство в ходе своей вынужденной политической экспансии на окружающие враждебные территории постоянно стремилось урезать и территории «казачьего присуда», как рассадник своеволия и бунтарства. При царе Борисе Годунове казаки отказались «замириться» с ногайцами и крымскими татарами. Уже в 1593 г. царь попытался наложить руку на донцов и превратить их в служилых казаков Московского государства. Однако донцы отвергли царское посольство во главе с Нащокиным, и в результате возникла непосредственная конфронтация с московской властью. Причем, донские казаки всегда вели себя дерзко и самоуверенно. Например, казаки на Волге ограбили экспедицию родственника царя окольничего Семена Годунова и передали власти вместе с отпущенными пленными: «Вот мы казаки, скоро придем в Москву» [17]. Борис Годунов даже угрожал Дону войной и прекратил поставки казачеству припасов, т. е. начал своеобразную блокаду Дона. Только пресечение царствующей династии и «великая смута», которую иногда называют «казачьей революцией», помешали самодержавию своевременно закончить этот процесс.

А. Л. Станиславский показал противоречивость казачьего движения в то трагическое время. С одной стороны, Дон направил в центр страны свои отряды, с другой стороны, в результате «показачивания» сформировалось широкое казачье движение, ставшей одной из ведущих сил в развитии Смуты. Отдельные современные историки несколько идеализируют роль казачества, представляя его чуть ли не главным спасителем Отечества. Во время «великой смуты» казачество занимало позиции, которые одни историки называют антинациональными, другие – антигосударственными, третьи – разбойными или даже революционно-освободительными. В реальной действительности в этот период действовали различные группы казачества – служилое казачество польской Украины, «воровские» казаки, жаждавшие наживы, а также донские вольные казаки, стремившиеся не только к «зипунам», но и к народоправству и круговой демократии. Вообще исследователи выделяют в историческом пространстве России 7 типов казаков [18]. В рамках каждой группы казачества существовали свои противоречия и особенности, что также сказывалось на политической позиции. Говорить, что все они в это время уважали русского самодержца как национального вождя и Божьего помазанника можно только условно.

В 1601 г., когда объявился самозванец Лжедмитрий I, донское казачество первоначально увидело в его поддержке возможность укрепить свои позиции и победоносно выйти из конфликта с московским правительством. Круг отправил к самозванцу несколько тысяч казаков и выдал ему на суд ставленника Годунова Петра Хрущева. Атаманы Корела и Нежаков били челом самозванцу. Именно казаки во многом обеспечили временную победу Лжедмитрию 1-му. Однако, несмотря на то что самозванец подчеркивал свой демократизм и любовь к казачьей вольнице, казаки не присягнули ему на верность. После гибели самозванца казачество стало активным участником масштабного повстанческого движения под началом И. И. Болотникова, что объяснялось казачьими идеалами личной свободы и круговой демократии. Сам Болотников прожил часть своей полной приключений жизни в казачьей среде, был даже некоторое время атаманом и усвоил все стереотипы поведения казачьего атамана. Само казачество сыграло значительную роль в ряде побед Болотникова. Поражение движения Болотникова не означало отказа казачества от вооруженных действий. Когда объявился второй Лжедмитрий, казаки поддержали и его, выставив большой отряд под началом Заруцкого в его поддержку. Кстати, по мнению Р. Г. Скрынникова, новая самозванческая интрига была организована именно повстанцами Болотникова при непосредственном участии атамана Заруцкого. Именно тогда возник термин «казатчина», который отражал место казаков, и «воровских», и донских, и прочих, в общем политическом раскладе сил в русской «смуте». После убийства «тушинского вора» часть казаков пошла за атаманом Заруцким, но большая часть во главе с князем Трубецким поддержала в 1612 г. нижегородское ополчение К. Минина и Д. Пожарского, которое и сыграло самую главную роль в разгроме интервентов. После этого донские казаки приняли активное участие в сражении с поляками, в частности, взяли приступом Китай-город и отбили от Волоколамска отряды польского короля Сигизмунда. В целом донское казачество сыграло значительную роль в развитии Смуты, продемонстрировав боярской Москве свою опасную силу и социальную специфику [19].