Особенно ярко это проявилось в ходе избрания нового русского царя. 23 февраля 1613 г. ворвавшиеся в зал заседаний Земского собора простые москвичи и донские казаки решили исход выборов. Такое избрание царем 16-летнего подростка Михаила Романова не было актом особого государственного патриотизма, как пишут иногда публицисты. Избрание на царство не умного Ф. И. Мстиславского, не авторитетных вождей ополчения Д. Т. Трубецкого и Д. М. Пожарского, а «слабого умом Мишки», явившегося полезной компромиссной фигурой для противоборствующих боярских группировок, было полезно и для вольнолюбивых донских казаков, не желавших укрепления центральной политической власти и установления ее контроля над собой. Поэтому казаки отказались дать царю присягу на верность, и большинство из них ушло на Дон. По мнению ряда историков, этот уход казаков и оказаченных масс привел к образованию вольных казачьих войск не только на Дону, но и на Яике и Тереке.

Избрание такого царя вовсе не означало реального окончания Смуты. Пришедшие к власти бояре Романовы, Салтыковы, Шереметьевы, Михалковы отстранили от дел лидеров земского движения. Они не проводили политики национального возрождения, а использовали государственную власть для своего личного обогащения. Итогом таких действий стали новые социальные волнения, в том числе казачье движение атамана Заруцкого, которое принесло власти очень много неприятностей. После разгрома казачьих повстанцев их атамана Заруцкого посадили на кол. Не менее опасным было движение казаков-ветеранов земского движения во главе с атаманом Иваном Баловня. Царское правительство обманом заманило якобы для переговоров вождей повстанческого движения казаков и уничтожила их, а простых казаков просто расстреляли картечью. Весть об этом восстании деморализовала русские войска, пытавшиеся в это время освободить Смоленск. Польский король Сигизмунд подготовил новую интервенцию и одновременно на севере активизировались шведы. Михаил Романов был вынужден созвать новый Земский собор, на котором ему земцы высказали все, что думают о его совершенно бездарном правлении. Дело нового спасения русского государства было поручено возглавить вождям былого ополчения К. Минину (вскоре умершему) и князю Д. Пожарскому. За князем пошли казачьи станицы, дворянские сотни и служилые люди. С огромным трудом Д. Пожарскому удалось в 1617 г. заключить Столбовский мирный договор со шведами и начать борьбу с поляками. Когда войска Речи Посполитой во главе с гетманом Ходкевичем нанесли ряд тяжелых поражений русским войскам, Д. Пожарскому ценой огромных усилий, но без помощи казаков, пришлось отражать новый штурм интервентов Москвы в 1618 г. По итогам Деулинского перемирия Россия потеряла Черниговщину, Смоленщину, но королевич Владислав отказался от претензий на русский престол. Страной стал руководить вернувшийся из плена отец М. Романова, хитрый политик Филарет, ставший патриархом Русской православной церкви. Именно тогда, наконец, закончилось Смутное время. Донское казачество на этом действительно заключительном этапе Смуты не принимало большого участия, что сыграло свою позитивную роль.

Надеясь подчинить себе самовольных казаков, контролировавших южные границы России, новое правительство от имени царя Михаила направило в 1614 г. на Дон царское знамя, насеку, бунчук и др. регалии. В 1623 г. казаки поступили в ведомство Посольского приказа в Москве. С этого времени возникает целая наградная система, поощрявшая определённые слои казачества и их лидеров. С целью приручения казаков и их включения в политическую и военную систему правительство организовало поставки материальных средств жизнеобеспечения, которые казаки могли получать сами только в виде принудительного заимствования. В 1618 г. было установлено ежегодное жалованье («отпуска») казакам, которое составляло при царе Михаиле Федоровиче 2000 рублей, 400 четвертей хлеба, 50 ведер вина, 40 пудов пороха, 40 пудов свинца и сукна 40 поставок. Причем жалованье посылалось на Дон и после крупных военных походов, произведенных с санкции правительства. В последующем (в XVIII веке) атаманы и старшины Войска Донского получали земли, чины, оружие, утварь, предметы роскоши и т. д.