Мнения российских политиков относительно преобразований разошлись. Если посланник А. П. Бутенев скептически относился к реформам, усматривая в них лишь орудие, направленное против России[12], то его преемник, А. Б. Лобанов-Ростовский, приветствовал их и видел в них средство для установления порядка в церковных делах. Со стороны Русской Церкви преобразования встретили сильную критику. В первую очередь, против них выступил влиятельнейший из русских иерархов середины XIX в. митрополит московский Филарет (Дроздов). Дух смешанного совета, «пренебрегающий церковными правилами и вековым обычаем, поставляющий себя выше Синода, не обещает спокойствия», – писал он.[13] Митрополит Филарет указывал на неканоничность действий совета. Смешанный совет претендует на контроль за финансами Патриархата, что противоречит 38 и 42 Апостольским правилам.[14] Сменяемость членов Синода через каждые два года, по мнению митрополита Филарета, приведет к отсутствию в нем опытных архиереев.[15] Особенно резко высказывался он против назначения жалования духовенству: «Мысль о назначении жалования членам высшего духовенства возникла, прежде гатти-гумаюна, между греками-мирянами… Нельзя ли вразумить их, что сколько они ослабят высшее духовенство, столько ослабят свое национальное единство и силу?»[16] Митрополит Санкт-Петербургский Григорий указывал на то, что назначение жалования духовенству выгодно Порте, так как отнимет у греков силы для восстания; в то же время это даст простор католической и протестантской пропаганде в Турции. «Пропаганда на Востоке крайне усиливается, кажется, несомненно, не столько в видах веры, сколько в видах искоренения восточного православного исповедания для ослабления России», – писал он.[17] Вскоре после созыва в Константинополе церковно-национального собрания в российском МИДе были собраны имеющиеся на тот момент сведения касательно предстоящих преобразований. Русское правительство в тот момент не ожидало от реформ ничего благоприятного: «…с нашей стороны требуется особенная бдительность, чтобы Греческой Церкви не был нанесен тяжкий удар. Для сего необходимо, кажется, постоянно совещаться с лицами, понимающими положение Церкви, зорко следить за ходом и заранее внимательно обсуждать все последствия, могущие возникнуть из принимаемых ныне мер».[18]

В декабре 1858 г. в Константинополь прибыл новый посланник, А. Б. Лобанов-Ростовский (1859–1863). В конфликте между Патриархом Константием и геронтами он принял сторону Патриарха; к занятиям церковно-народного собрания посланник относился с большой симпатией. 4/16 июня 1859 г. собрание приняло решение об удалении геронтов из Константинополя.[19] Удаленные из Константинополя шесть митрополитов-геронтов (Эфесский, Ираклийский, Кизический, Никомидийский, Никейский и Халкидонский) немедленно обратились к российскому Св. Синоду с просьбой о заступничестве (11 июня 1859 г.). Поначалу Св. Синод склонялся к тому, чтобы поддержать их. Это встревожило Лобанова, который выступил категорическим противником того, чтобы Русская Церковь вступала в переписку с геронтами и давала им официальный ответ.[20] Митрополит Филарет, как всегда осторожный, со своей стороны также не видел в неопределенных жалобах геронтов повода к вмешательству Русской Церкви. Санкции против геронтов, на его взгляд, были небезосновательны, но само их удаление нельзя было рассматривать как прямое нарушение церковных канонов. «Желательно, – писал он, – чтобы Вселенскому Патриарху и народному собранию… поданы были полезные мысли; но сие, по моему мнению, должно быть сделано неофициальным путем, и с особенной скромностью и осторожностью» (записка от 6–8 ноября 1859 г.).