С началом Танзимата под давлением английского посла Стратфорда Редклиффа османское правительство потребовало от Патриархии реформы церковного управления. В результате, повинуясь султанскому распоряжению, в начале 1847 г. в Патриархате были выработаны 15 глав преобразований церковных дел, суть которых сводилась к привлечению мирян к церковному управлению. Теперь в состав Синода должны были входить три мирянина (великий логофет Николай Аристархис, самосский губернатор Стефан Вогоридис и Иоанн Психарис). В следующем, 1848 г., однако, эти нововведения были признаны неканоническими и упразднены.[8]

Новый этап реформ церковного строя наступил после обнародования хатт-и-хумаюна 1856 г. По словам российского посланника в Константинополе А. П. Бутенева, «сей лживый и не очень искусно составленный акт, придуманный и навязанный туркам западными державами более из ненависти к России и из опасения ее политического и церковного влияния на Востоке, чем по действительной заботливости о христианском населении в Оттоманском государстве – начало великих неурядиц в Константинопольском Патриархате».[9] С принятием хатт-и-хумаюна начинался новый натиск правительства на Патриархат с требованием церковных реформ. В апреле 1857 г. Порта отправила в Патриархат предписание немедленно приступить к намеченной султанским указом церковной реформе. Правительство потребовало учреждения церковно-народного совета с участием представителя – турецкого чиновника. Предстоящая реформа имела целью ограничить власть Патриарха, постепенно ликвидировать положение христианской общины как государства в государстве и подготовить будущее уравнивание христиан и мусульман. Непосредственным следствием этого было падение престижа Патриарха как духовного главы православных христиан и противника католического и протестантского прозелитизма на Востоке. Контроль послушной западным державам Порты над Греческой Церковью был одним из необходимых условий для ликвидации русского влияния и преобразования страны на удобных для Европы началах.

Реакция греческого населения на готовившиеся реформы была различной. Богатые константинопольские греки с введением мирского начала в церковное управление надеялись получить большее влияние на дела своего народа и Церкви. Многие греческие иерархи были рады упразднить самовластие геронтов и прекратить их злоупотребления. Консервативно настроенные митрополиты и в первую очередь сами геронты, разумеется, были категорически против всяких нововведений. Патриархия протестовала против некоторых пунктов проекта преобразований: по поводу необходимости для архиереев присягать правительству при вступлении в должность и по ряду других моментов. В результате было избрано церковно-народное собрание, состоявшее из семи митрополитов, 21 мирянина и двух чиновников; носило оно, разумеется, совершенно светский характер. Первое заседание собрания состоялось 3 октября 1858 г. Собрание обсуждало разные вопросы: первым из них был порядок выбора Патриарха. Мирским членам собрания удалось провести решение, предусматривавшее контроль над выборами со стороны мирян, и лишь окончательное избрание предоставлялось Синоду. Особенно горячие дебаты возникли по поводу введения жалования духовенству. Осуществление этой меры не только ставило духовенство в зависимость от правительства, но имело целью постепенный секвестр церковных имуществ, что в конечном итоге привело бы к ослаблению Церкви. Кроме того, приводился довод, что в государстве с иноверным правительством не может быть введена мера, практикующаяся в России, где царь и правительство православные и поэтому являются естественными покровителями Церкви. Поскольку геронты активно препятствовали работе совета, 6 июля 1859 г. было принято решение об их удалении. К началу 1860 г. были в общих чертах разработаны новые положения управления Церковью, известные под названием «Общих уставов» (Γενικοὶ κανονισμοί).