Согласно новому порядку, в случае вакантности патриаршего престола избирался местоблюститель, утверждаемый Портой. Затем все архиереи Патриархата должны были прислать в запечатанных конвертах имя того кандидата, который казался им наиболее достойным. Одновременно составлялось избирательное собрание: в него входили члены Синода и те архиереи, которые в данный момент находились в столице. Светскую часть составляли: три из высших чиновников Патриархии; члены смешанного совета; три из старейших чиновников, имеющих гражданскую степень, два имеющих степень военную и три из других гражданских чиновников; губернатор Самоса или его представитель; три представителя от Дунайских княжеств; четыре наиболее известных ученых; пять от торговых корпораций; один из банкиров; десять представителей цехов; двадцать восемь представителей от епархий. Таким образом, составлялся предварительный список из всех предложенных кандидатур, который представлялся Порте; последняя в течение 24 часов вычеркивала из него тех лиц, которых по политическим соображениям считала неподходящими для выбора на патриарший престол. После возвращения списка избирательное собрание посредством тайной подачи голосов указывало трех кандидатов, по большинству голосов, из числа не исключенных лиц. Из этих трех кандидатов духовные члены собрания также тайным голосованием с призыванием Св. Духа избирали одного из трех кандидатов. Если количество голосов оказывалось равным, то вопрос решал местоблюститель. Теперь патриарший Синод состоял из 12 архиереев, выбираемых сроком на два года, причем никто из архиереев, не являющихся членами Синода, не мог находиться в Константинополе без специального разрешения Патриарха; равным образом члены Синода не могли отлучаться из столицы. Заседания Синода должны были происходить два раза в неделю.

Церковно-народное собрание выработало также «Устав постоянного смешанного совета», особого административного учреждения, которого прежде в Константинопольской Церкви не существовало. Состоял смешанный совет из двенадцати членов – четырех архиереев и восьми мирян, под председательством одного из духовных членов. Выбирались члены совета сроком на два года, причем часть его должна была обновляться ежегодно. Членами совета могли быть только оттоманские подданные старше 30 лет, имеющие опыт в делах и пользующиеся уважением. Вознаграждения они не получали, а взяточничество строго преследовалось. В обязанности членов совета входило следить за исполнением завещаний и других актов, рассмотрение вопросов по наследству, наблюдение за школами, больницами и другими богоугодными заведениями и проч.

Патриарх, таким образом, лишился своей неограниченной de jure власти, которая оказалась раздробленной на две части: в церковных делах он был подчинен Синоду, в гражданских – смешанному совету. Вследствие подвижности состава Синода в нем не могло быть опытных членов. Иерархи, имевшие двухлетний опыт Синодальной деятельности, сменялись новыми, зачастую мало знакомыми с направлением центральной администрации и привносящими свои мнения и симпатии. Смена членов Синода предоставляла широкие возможности для интриг, а когда Патриарх оказывался в изоляции, он был вынужден «добровольно» отказываться от престола. Нестабильность патриаршего престола во второй половине XIX в. оставалась такой же, как и прежде. В 1860–1900 гг. престол последовательно занимали десять Патриархов. Самым значительным нововведением было образование смешанного совета, через который константинопольские миряне получили реальную возможность воздействовать на церковную политику. Полномочия совета были весьма обширными: он ведал даже тем, насколько хорошо Патриарх заботится о принадлежащих Церкви святынях и их имуществах. Узнав о проступках клириков, члены совета были обязаны доносить Патриарху и Синоду и предлагать меры воздействия на виновных. Допуск мирян в церковные дела прокладывал путь к политизации Церкви, которая попадала в зависимость от националистически настроенных греческих богачей Константинополя, тесно связанных с правительством Греческого королевства, в свою очередь, являвшегося проводником политики западных держав, в первую очередь Великобритании. Крайний греческий национализм был тем веянием, которое привнес в церковную жизнь второй половины XIX в. смешанный совет. Результатом стало обострение в церковной жизни национальных вопросов, в первую очередь вопроса болгарского.