Образовательные услуги, предоставляемые негосударственными вузами, являются в основном платными. Негосударственные образовательные учреждения высшего профессионального образования, как и государственные вузы, относятся к некоммерческим организациям. Некоммерческие организации не имеют в качестве основной цели своей деятельности извлечение прибыли. А в соответствии с пунктом 2 статьи 46 Федерального закона РФ "О внесении изменений и дополнений в Закон Российской Федерации "Об образовании" платная образовательная деятельность негосударственного образовательного учреждения не рассматривается как предпринимательская, если получаемый от нее доход полностью идет на возмещение затрат на обеспечение образовательного процесса (в том числе на заработную плату), его развитие и совершенствование в данном образовательном учреждении. Этот особый статус негосударственных образовательных организаций влияет на ведение в них бухгалтерского учета [1].

С одной стороны, платная образовательная деятельность – некоммерческая деятельность, согласно п. 2 ст. 46 закона «Об образовании». В таком случае поступления, связанные с предоставлением образовательных услуг являются целевыми средствами и должны в учете отражаться на счете 86 «Целевое финансирование». Такого мнения придерживаются ученые Скурихина М.В. и Емельянова И.В. С другой стороны, гл. 39 ГК РФ относит платную образовательную деятельность к возмездным услугам. В таком случае доходы от таких образовательных услуг должны быть учтены как выручка по обычным видам деятельности на счете 90 «Продажи». Такого мнения придерживаются ученые Гамольский П.Ю., Колибаба О.В и др. Правовой статус негосударственных образовательных учреждений как некоммерческих организаций определяет специфические задачи бухгалтерского учета некоммерческой деятельности и использование соответствующих способов учета. На сегодняшний день предлагается большое количество разнообразных вариантов по отражению в учете той или иной хозяйственной операции в некоммерческих организациях. Но, по существу, нет целостной системы учета в негосударственных образовательных учреждениях, которая бы охватывала все стороны деятельности таких организаций [2].

Введенная в действие с января 2002 года двадцать пятая глава НК РФ вступила в противоречие с Федеральным законом "Об образовании". В ней отсутствуют льготы по налогу на прибыль в связи с не-предпринимательской деятельностью некоммерческих организаций.

В этих условиях некоммерческие организации должны отстаивать свои позиции в отношении правомерности использования счета 86 "Целевое финансирование". Это связано с тем, что целевые поступления и целевое финансирование, отражающееся на этом счете, далеко не всегда освобождено от налогообложения. В частности, средства, поступающие за обучение в негосударственном образовательном учреждении, ранее считались целевыми и могли быть отнесены на счет 86 «Целевое финансирование» при соблюдении требований лицензирования и аккредитации. А после 1 января 2002 года в целях обложения налогом на прибыль они таковыми не являются.

Сложившаяся ситуация принуждает негосударственные образовательные организации к использованию бухгалтерских счетов, предусмотренных для коммерческой деятельности: 20, 25, 26, 90 и т.д. А также принуждает образовательные организации рассчитывать разницу между поступившими средствами как доходом организации и использованными на образовательный процесс как расходами, а также налогообложением этой разницы. И лишь после этого остаток средств, поступивших на обучение, может быть израсходован на образовательный процесс. 25 глава НК РФ вступает в противоречие с ГК РФ и Федеральным законом РФ "О некоммерческих организациях".