Одним из проблемных регионов стала Карачаево-Черкесия. В июле 1991 г. съездом карачаевцев был создан оргкомитет по созданию Карачаевской республики. В октябре 1991 г. она была провозглашена Съездом депутатов Карачая всех уровней. В ответ появились образования других народов. На казачьих съездах были провозглашены Баталпашинская республика (август 1991 г.), Урупско-Зеленчукская республика (ноябрь 1991 г.). Съезд черкесского народа в октябре 1991 г. провозгласил Черкесскую республику, съезд абазин – Абазинскую. Совет народных депутатов Карачаево-Черкесии в декабре 1991 г. решил провести опрос о сохранении единства республики. Он проводился в марте 1992 г. в сложной этнополитической обстановке, и все же, большинство населения республики (78,6 %) высказалось за единство.

В январе 1992 г. здесь была введена должность главы администрации, назначаемого Президентом России. Им стал председатель исполкома карачаевец В. Хубиев. В январе 1993 г. бывший облсоветбыл преобразован в Верховный Совет и создан Совет Министров (председателем избран Хубиев). В конце 1994 – начале 1995 г. объединенный съезд активистов движений черкесов, абазин и русских предложил воссоздать Черкесскую автономную область в составе Ставропольского края. По времени этот политический кризис совпал с окончанием срока полномочий Народного Собрания. В марте 1995 г. для разрешения конфликта властей в республике была создана согласительная комиссия во главе с руководителем администрации Президента С. Филатовым. Был введен пост главы республики, назначаемого Президентом России с согласия Народного Собрания (вновь назначен В. Хубиев). Через год, в марте 1996 г., была принята Конституция республики, предусматривающая прямые выборы главы. После окончания пятилетнего срока полномочий Хубиев оставался во главе республики.

Выборы главы республики в апреле-мае 1999 г. вылились в серьезное противостояние между кандидатами от двух титульных национальностей – карачаевцем В. Семеновым и черкесом С. Деревым. Они сопровождались обострением противоречий, конфликтами и террористическими актами, массовыми нарушениями федерального законодательства и законодательства республики о выборах, угрозами, запугиванием и подкупами, как избирателей, так и членов избирательных комиссий. Органы власти республики полностью утратили контроль над политической ситуацией, в межнациональное противостояние черкесов и карачаевцев оказалось втянутым и русскоязычное население республики. Наделение значительными полномочиями главы республики, закрепленное Конституцией и законодательством Карачаево-Черкесии, консолидировало титульные национальности и создало конфронтационную атмосферу во время предвыборной кампании.

Общество оказалось не готово к проведению демократических свободных выборов, на котором настаивало большинство общественно-политических движений и населения республики. Для разрешения конфликта опять пришлось вмешиваться федеральной власти. Наилучшим исходом явилось “отложенное решение”, когда был достигнут компромисс о проведении в октябре 2000 г. референдума о подтверждении полномочий В. Семенова в качестве главы республики.

В настоящее время идет процесс консолидации всех ветвей адыгского этноса – адыгейской, черкесской, кабардинской, шапсугской, а также зарубежной адыгской диаспоры в рамках “Адыге Хасе”, Международной Черкесской Ассамблеи (МЧА). Действует Межпарламентский Совет Адыгеи, КЧР и КБР Население Северо-Западного Кавказа является менее исламизированным и более привержено своим собственным этническим традиционным нормативам, настороженно относится к фундаменталистам.