Выражения «неслитно, неизменно» в данном определении направлены против евтихианского монофизитства, а «нераздельно, неразлучно» – против несторианства. Однако некоторые Церкви усмотрели в халкидонском догмате шаг назад в сторону несторианства и отказались принять решения Халкидонского Собора. Особенно сильной была оппозиция Собору на окраинах Римской империи: в Египте, Сирии и Армении, а также за пределами империи, в частности в Персии. В Египте и Сирии наряду с епископами, признавшими Халкидон, образовались группы епископов, не признавших его. В Александрии противников Халкидонского Собора возглавил Тимофей Элур († 477), в Антиохии – Петр Гнафевс (ф488). Армянская Церковь также не признала Халкидонский Собор и в 506 году официально отвергла его. Так оформился первый великий раскол в истории христианства, сохранившийся до наших дней. В VI веке в Египте образовались две параллельные иерархические ветви, обе во главе с «Патриархом Александрийским и всея Африки»: одна признавала Халкидонский Собор, другая его отвергала. В грекоязычной Сирии христианство также разделилось на две ветви, каждую из которых возглавил свой «Патриарх Антиохийский и всего Востока». В Армении Церковь сохранила единство, но осталась на антихалкидонских позициях. В настоящий момент дохалкидонское христианство представлено несколькими Церквами на территории Армении, Египта, Эфиопии, Эритреи, Сирии, Айвана, Индии и в рассеянии. Совокупная численность членов этих Церквей – около 50 миллионов человек.

Хотя основная оппозиция Халкидонскому Собору сосредоточилась на окраинах Восточной Римской империи, в самом Константинополе отношение к Собору оставалось неоднозначным. Если императоры Маркиан (450–457) и Лев I (457–474) его поддерживали, то Зенон (474–475; 476–491) занял более осторожную позицию: пытаясь примирить монофизитов с диофизитами, он в 482 году издал «Энотикон» – общее изложение веры, в котором о Халкидонском Соборе умалчивалось. «Энотикон» был поддержан Константинопольским Патриархом Акакием († 488), однако Папа Римский Феликс III потребовал от Акакия ясного принятия Халкидонского Собора. Не добившись этого, он в 484 году на Римском Соборе низложил Акакия и отлучил его от Церкви. Так началась первая схизма между Константинополем и Римом, длившаяся 35 лет. Схизма продолжалась при императоре Анастасии I (491–518) и завершилась в 519 году, при императоре Юстине I (518–527), когда Константинопольский Патриарх Иоанн и легаты Римского Папы Гормизды совместно осудили всех отвергавших Халкидонский Собор. В 525 году Константинополь посетил Папа Римский Иоанн I, направленный в столицу империи королем остготов Теодорихом (ок. 454–526), который в то время владел Римом.

Император Юстиниан. Базилика Сан-Витале

Важную роль в истории Христианской Церкви на Востоке сыграл император Юстиниан I (527–565). Этот выдающийся правитель, в 336 году изгнавший из Рима остготов и в последний раз в истории восстановивший политическое единство Римской империи, стремился также восстановить ее религиозное единство. В 537 году он построил в Константинополе собор Святой Софии – самый величественный храм христианского Востока.

В 40-х годах VI века император инициировал пересмотр церковного отношения к ряду богословов, чье наследие оставалось предметом споров. В 542 году император издал эдикт, содержащий 10 анафематизмов против Оригена и последователей его учения. Этот эдикт был рассмотрен и одобрен на церковном Соборе в Константинополе в 543 году. Вместе с Оригеном были осуждены также писатели IV века Дидим Александрийский и Евагрий Понтийский, в чьих сочинениях усмотрели влияние оригенизма.