В 544 году Юстиниан издал новый эдикт, в котором осуждению были подвергнуты Феодор Мопсуестийский, а также возражения Феодорита Кирского (ок. 393 – ок. 460) против Кирилла Александрийского и «Письмо к Марию Персу» Ивы Едесского (V век). Этот эдикт состоял из трех глав, и его стали называть эдиктом «о трех главах» (три главы эдикта смешали с тремя епископами, которые в нем осуждались). Эдикт «о трех главах» был воспринят многими как удар по Халкидонскому Собору, поскольку затрагивал богословов, которые на этом соборе были оправданы. Лишь под угрозой низложения и ссылки этот эдикт подписали восточные патриархи. Однако императору необходимо было добиться подписи Папы Вигилия (537–555), для каковой цели папа был силой доставлен в Константинополь в 547 году. По прибытии в столицу папа сначала категорически отказывался подписываться под императорским эдиктом, однако под давлением василевса вынужден был согласиться. В 551 году Юстиниан издал новый эдикт «о трех главах», под которым папа категорически отказался подписываться. Опасаясь за свою жизнь, Вигилий скрылся в храме Святого Петра: там его пытались арестовать, но он отчаянно сопротивлялся. В конце концов папу посадили под домашний арест, где на него продолжали оказывать давление.

В такой обстановке в 553 году в Константинополе был созван V Вселенский Собор. Папа Вигилий отказался в нем участвовать, но прислал легатов. На Соборе был осужден Феодор Мопсуестийский и была повторена анафема против Оригена, Дидима и Евагрия. Что касается Феодорита Кирского и Ивы Едесского, то они не были осуждены: осуждению подверглись только их сочинения, направленные против Кирилла Александрийского и учения III Вселенского Собора. Отцы Собора вычеркнули имя Папы Вигилия из диптихов на том основании, что в период, предшествующий Собору, он несколько раз менял свою позицию в отношении «трех глав». После Собора низложенный Вигилий и его единомышленники были сосланы. В конце концов Вигилий отказался от своего протеста против осуждения «трех глав» и признал решения Собора. Ему было разрешено вернуться в Рим, но по дороге он умер. Римская Церковь не признала низложение Папы Вигилия, однако признала V Вселенский Собор. Решающая роль в этом признании принадлежит преемнику Вигилия Папе Пелагию I (556–561), при котором отношения между Римом и Константинополем были нормализованы.

Константинопольский Собор 543 года и V Вселенский Собор стали первыми в истории Церкви Соборами, на которых были осуждены лица, умершие в мире с Церковью и не осужденные при жизни. Именно против этого главным образом возражал Папа Вигилий, когда отказывался подписывать осуждение Феодора Мопсуестийского, не отказываясь осудить те его писания, в которых усматривалось несторианство. Вынося вердикт против Феодора Мопсуестийского и сочинений Феодорита и Ивы, Юстиниан имел целью вернуть к единству те монофизитские Церкви, которые продолжали не признавать Халкидонский Собор, считая его несторианским. Этой цели Юстиниан не достиг, так как монофизиты остались на своих позициях.

Юстиниан вошел в историю Церкви как благочестивый император, стремившийся осуществить идеал симфонии между Церковью и государством. Этот идеал отражен в Шестой новелле Юстиниана, где говорится о том, что священство и царство – два величайших блага, установленных Богом, и что между ними должно быть единение и сотрудничество. Свою миссию император видел в заботе о хранении догматов и единства Церкви, а миссию Церкви – в том, чтобы направлять общественную жизнь по богоугодным путям. На практике, однако, забота императора о чистоте догматов выражалась в том, что он принимал решения по тем или иным вопросам доктрины, издавал эдикт, а потом уже епископы должны были подписываться под ним. Речь шла, по сути, о весьма грубом вмешательстве государства в дела Церкви. Это вмешательство продолжалось и при преемниках Юстиниана и во многом определило последующую историю Христианской Церкви на Востоке.