Даже если считать, что перед нами просто приступ ажитированной депрессии, то следует признать, что все действия Нагой далеко не хаотичны, не бессмысленны и вполне целенаправленны. Очевидно, существовал давно продуманный план государственного переворота, но, в силу обстоятельств, его пришлось осуществлять в не вполне выгодных внешних условиях. Если в первоначальном плане поводом для бунта должна была стать смерть царя Фёдора (о чем часто расспрашивались ведуны у царицы Марии), то в реальном стечении обстоятельств приходилось исходить из смерти царевича Дмитрия. Первая и самая простая идея была – выдать инцидент за преднамеренное убийство царевича и виноватыми назначить Годунова и его «подопечного» царя Фёдора. Ход был простым и привычным для того времени. Пока в Угличе возбуждённая криками Марии и Михаила Нагих вооруженная толпа рвала на куски «душегубцев» -московских дьяков и грабила их подворья, в Ярославль уже нёсся гонец с вестями к ссыльному дядюшке Афанасию Фёдоровичу Нагому. Ярославль в Москву тоже шлёт, не медля, весточку нужным людям, и через 4 дня, точно в день прибытия комиссии Шуйского в Углич, в Белом городе вспыхнул грандиозный пожар и «воры-мужики» пошли на штурм Кремля.
Внешне кажется, что Нагая просто одержима местью: за её жизненную катастрофу пришлось отдать жизнь ни в чем неповинным дьяку Михаиле Битяговскому с сыном, Осипу Волохову – сыну проштрафившейся мамки царевича, его приятелю Никите Качалову – всего же забили насмерть и зарезали 15 человек. Но за кажущейся бессмысленностью кровавых убийств скрывался чёткий план действий: есть «страстотерпец» – царевич Дмитрий; есть «душегубцы» – московская администрация; есть «заступники» – толпа угличан, совершившие массовые убийства, и есть запуганные свидетели-«послухи» – избитая до полусмерти Василиса Волохова, лишившаяся в резне ни в чем неповинного сына, и готовая теперь подтвердить любые показания или молчать. Кто или что было целью этого многоактного спектакля? Царь Фёдор и его шурин Борис Годунов. При удачном стечении обстоятельств, т.е. удачном восстании в Москве, именно они должны были стать самыми заинтересованными в гибели царевича лицами, а следовательно, и самыми виноватыми. Подтверждением их причастности было бы тело Дмитрия, которое именно по этой причине не собирались хоронить в Угличе, хотя по обычаю это должно было произойти в течение суток. Царевич, как несомненная «жертва» коварного заговора Годунова и своеобразное «знамя» восстанавливающего справедливость переворота (в конечном счете, в пользу польской короны, так как сами Нагие после смерти Дмитрия выпадали из игры и уже не имели никаких прав на трон), должен был быть похоронен в московском Кремле в Архангельском соборе рядом со своим отцом и братом.
Главное в тот момент было, чтобы весть о гибели царевича не достигла ушей Кремля раньше времени, пока московский Белый город ещё не готов к выступлению. Все дороги из Углича на следующий же день были перекрыты заставами, не пропускавшими никого и никуда, тут очень кстати пришлись лошади, «экспроприированные» в пользу царицы у дьяка М. Битяговского. В городе Нагие развязали настоящий террор против инакомыслящих – болтливые простолюдины-угличане поплатились жизнью по приказу Михаила Нагого, потому что ставили под сомнение вину московских дьяков и версию об убийстве, а через два дня после смерти Дмитрия по приказу Марии Нагой была убита юродивая, жившая на подворье у Михаила Битяговского. Она «…хаживала от Михаила к Ондрею Нагому, и сказали про неё Царице Марье, и Царица ей велела приходить для потехи…»