Опечаленный Борис Федорович пошел к своей дочери и сказал: «Мы лишились твоей радости, моего сердца утехи». Услышав слова о кончине принца, Ксения упала в беспамятстве к ногам своего отца. Женщины подняли ее и увели в покои. При дворе был объявлен глубокий трехдневный траур. Набальзамированное тело покойного принца положили в деревянный гроб, а после прощания – в медный и затем дубовый, обшитый бархатом и серебром. Почетная стража из бояр и свиты находилась у гроба днем и ночью.

На похороны 25 ноября приехал царь с боярами, чтобы отдать последние почести покойному. Процессию открывал почетный караул, за которым шли ученики немецкой школы со своим учителем, пастором, и пели похоронные песни. Впереди колесницы несли знамена с датскими, мекленбургскими, голштинскими и шлезвигскими гербами. Сама колесница была покрыта черным бархатом с белым атласным крестом, ее сопровождали двадцать четыре мальчика, каждый из которых держал в руке большую свечу, а также почетный эскорт. Послы, свита, московские бояре, тысяча стрельцов и многочисленные толпы народа провожали гроб до протестантской церкви – места погребения Иоанна.

С богатыми царскими подарками свита покойного принца в феврале 1603 года возвратилась на родину.

До 1637 года тело датского принца находилось в Москве. 30 августа 1636 года король Христиан IV писал в грамоте русскому царю Михаилу Федоровичу: «Наш любительный брат за несколько лет преставился в Москве и тут погребен, а его блаженное тело оставлено там за разными помешливыми временами; ныне же мы помыслили его взять, и для того наше соседственное и любительное прошение, чтобы тело безо всякаго задержания отпустить и свезть в Ругодив, а из Ругодива мы велим привесть его сюда великим кораблем». Прибывшему в Москву с королевской грамотой посланнику Голмеру в Посольском приказе сообщили 3 февраля 1637 года о том, что во время польской интервенции гробницу датского принца из-за золота и серебра разграбили и гроб засыпали землей. Были посланы люди и найдены обломки медного гроба с останками Иоанна.

На средства Посольского приказа был сделан гроб, обитый черным бархатом, и 8 марта состоялись торжественные проводы. До Тверских ворот гроб несли на плечах и пелись похоронные песни. Гроб датского принца сопровождали бояре (и среди них – князь Д.М. Пожарский), московские дворяне, стрельцы, иностранцы. Все шли в траурном платье. От Тверских ворот гроб повезли на санях в Новгород, а затем в Ругодив, и 22 мая датский корабль отплыл с ним из Ругодива. Извещая Михаила Федоровича о благополучном прибытии в Данию останков Иоанна, король Христиан IV благодарил его за оказанную помощь и почетные проводы.

После неожиданной смерти принца Иоанна Борис Годунов решил возвратиться к английскому варианту. После ответа, доставленного в Лондон Мериком, королева Елизавета предложила в невесты царевичу Федору молоденькую подданную, но не назвала ее имени. В связи с этим, вернее, воспользовавшись этим, царь послал в апреле 1603 года письмо с просьбой прислать больше сведений о невесте, но королева так и не смогла ответить, поскольку вскоре умерла. Тогда Борис вновь обратил взоры к датским берегам: он вновь послал уже знакомых читателю Салтыкова и Васильева, которые договорились о согласии третьего сына Шлезвигского герцога Филиппа жениться на Ксении. Последний выразил царским послам охотное желание переселиться в Московию.

Однако вскоре выяснилось, что в Москве было не до свадебных торжеств: в первопрестольной совершалась кровавая драма. 13 апреля 1605 года Борис скоропостижно скончался, и преемником стал его 16-летний сын Федор. Но его правление оказалось коротким. В Москве вспыхивает бунт. Простой люд громит двор Годуновых, грабит дворы многих дворян, бояр и дьяков, жена и сын Бориса погибают, и 20 июня в Москву въезжает самозванец. Пережив трагически погибших отца, мать и брата, Ксения постриглась в монахини под именем инокини Ольги. Умерла дочь Бориса Годунова во Владимирском Новодевичьем монастыре 30 августа 1622 года, на сорок первом году жизни, и, согласно ее желанию, погребена рядом со своими родителями в Троицкой лавре, у входа в Успенский собор, в котором покоится прах другой несчастной русской княжны, Марии Владимировны.