Попечительский совет и персонал гимназии постоянно трудились над делом воспитания и обучения: вновь перерабатывались программы учебных предметов, приглашались известные преподаватели, приобретались лучшие учебные пособия, была создана ученическая библиотека, закупались хорошие рояли и вся классная мебель.

В пользу Елизаветинской гимназии Н.М. Пржевальский устраивал чтения о своих путешествиях.

В 1898 году решился вопрос о летнем помещении для воспитанниц. В селе Болшево была построена большая дача, строительство которой обошлось в 12 000 рублей. В том же году в гимназии было устроено электрическое освещение.

«С согласия попечительского комитета гимназии перед епархиальным начальством было возбуждено ходатайство о разрешении устроить домовую церковь. 18 августа 1894 г. последовал Указ Святейшего Синода о разрешении устроить в гимназии домовую церковь во имя святой праведной Елисаветы. На сооружение храма было пожертвовано 6000 рублей Семеном Николаевичем Спиридоновым. Освящение храма последовало 16 января 1895 г. На литургии присутствовала Великая княгиня, по окончании службы выразившая свое удовольствие по поводу устройства храма. Освящение храма во имя святой праведной Елисаветы вызвано тем, что попечительство над учреждениями, для которых храм созидался, приняла на себя Великая княгиня. 22 апреля 1896 г. Святейший Синод определил при храме штатный причт. Ежегодно в день тезоименитства Великой княгини в храме совершались литургии и торжественные молебствия, провозглашались многолетия, как и во всех храмах при учреждениях Великой княгини. 26 мая 1895 г. в храме была произнесена священником Сергием Страховым напутственная речь к воспитанницам. Первоначально церковь считалась приписной к приходской Никольской церкви в Клениках. На документах описи церковного имущества сохранились автографы ныне широко известного священника Алексея Мечева (1859–1922), служившего в Никольском храме».

Основной идеей Дома воспитания и Елизаветинской гимназии была их благотворительная направленность. Количество платных учениц было велико, однако учредители старались увеличить число бесплатных воспитанниц. Для этого привлекались новые средства, благотворительные капиталы, что позволяло учредить стипендии для бедных учениц, преимущественно сирот. Это и было основным отличием Елизаветинской гимназии от других женских гимназий.

14 января 1895 года было учреждено Попечительство о недостаточных ученицах Елизаветинской женской гимназии с целью оказания помощи нуждающимся ученицам и окончившим курс воспитанницам.

В начале 1900-х гг. главным препятствием правильному ходу классных занятий был недостаток надлежащих помещений. Гимназия помещалась в старинном, неприспособленном и тесном для учебных целей доме (ул. Маросейка, д. 11). Возникший первоначально в собственном здании Дом воспитания постепенно перешел в наемные помещения, ставшие неудобными для обширного учебного заведения. Вопрос о строительстве нового здания разрешился в 1910 г. благодаря постоянному и внимательному участию Великой княгини. Она лично вела переписку о строительстве гимназии. Сохранился документ с резолюцией митрополита Московского Владимира (Богоявленского) от 5 мая 1910 г. с его указанием для Московской Духовной Консистории: «Согласно ходатайству Ее Высочества нужно заняться этим делом незамедлительно вне очереди». В 1912 г. гимназия уже смогла переехать в новое здание в Большом Казенном переулке, д. 9 (близ Курского вокзала).

«Сохранившиеся документы гимназии показывают, что в отличие от других учебных заведений Елизаветинская гимназия была благотворительным учреждением, имеющим многолетнюю историческую преемственность, неразрывно связанную с Императорским человеколюбивым обществом и Обществом поощрения трудолюбия в Москве. Неоднократно в гимназии подвергались испытаниям в знании курса 4-х классов сестры Марфо-Мариинской и Иверской общин сестер милосердия. В период Первой мировой войны ученицы приняли участие в благотворительных сборах для нужд войны, на что последовало выражение благодарности Великой княгини 31 марта 1915 гг».