Многие именитые медики поддержали Сильвия, требуя наказать Андреаса Везалия, посмевшего критиковать великого Галена. Такова была сила признанных авторитетов в Средневековье, когда всякое новшество, смелое выступление, выходившее за рамки установленных канонов, вызывало настороженность, расценивалось как вольнодумство.

Вскрыв десятки трупов, тщательно изучив скелет человека, Везалий доказал ложность мнения врачей, будто у мужчин на одно ребро меньше, чем у женщин. Но это мнение дерзко выходило за рамки средневековой науки, также оскорбляя и церковное вероучение. Не посчитался Везалий и с другим заблуждением – о наличии в сердце человека несгораемой и неуничтожаемой косточки, в которую заложена таинственная сила, помогающая человеку воскреснуть в день страшного суда, чтобы предстать перед Богом. И хотя косточку эту никто не видел, ее описывали в научных трудах, в ее существовании не сомневались.

Везалий же прямо заявил, что, исследуя сердце человека, он не обнаружил таинственной косточки. Он ясно отдавал себе отчет в том, к чему могут привести такие выступления против учения Галена.

Ученый продолжал преподавать в Падуанском университете, но с каждый месяцем атмосфера вокруг него накалялась все больше, подсказывая мысль об отъезде. Ему было горько расставаться с Венецией, с университетом, прерывать свою работу, исследования. Но иного выхода он не видел. Травля со стороны профессоров, давление властей, грозившие костром инквизиции, заставили Везалия покинуть Падую. На несколько лет обосновавшись в Аугсбурге, он подготовил второе издание своей анатомии. «Атлас», появившийся в 1555 году, в течение двух столетий во всей Европе была единственным учебным пособием по медицине для студентов.

Популярность красочного учебника была так велика, что студенты платили большие деньги, чтобы только просмотреть запрещённую папским престолом книгу, которой грозила участь быть сожжённой рукой палача. Вспыхнувшие в Европе религиозные войны заставили учёного скитаться из страны в страну. Он чувствовал большую опасность от деятельности Жана Кальвина в Женеве, и тем более от Ордена иезуитов. Везалий физически ощущал жар костра у себя за спиной, меняя один университет на другой.

Большой опыт врачевания и связи позволили Везалию занять пост придворного врача императора Карла V. В Брюсселе у него теперь не было кафедры, и он перестал заниматься со студентами. Место придворного лекаря, бывшее не душе Везалию, имело свои преимущества: императорский двор служил для него надежным укрытием от преследований церкви, оставляя возможность заниматься анатомией. Однако смерть коронованного покровителя спутала все планы учёного.

На престол в Мадриде вступил его сын Филипп II – желчный и злопамятный человек, видевший во всём ересь. Двор и папская служба сделали всё, чтобы молодой король невзлюбил Везалия и открыто высказал ему свою неприязнь. Снова посыпались доносы и кляузы. Отношение нового монарха к Везалию ухудшилось ещё более: друживший с инквизицией властитель не желал видеть рядом с собой явного кандидата на костёр.

При Филиппе II суровые запреты церкви анатомировать трупы вновь коснулись Везалия. Нарушить их значило снова конфликтовать с церковью. Везалий с горечью писал об этом времени: «Я не мог прикоснуться рукой даже к сухому черепу, ещё менее возможности я имел производить вскрытия». Но как ни старался Везалий не давать повода церкви для каких бы то ни было обвинений, это оказалось не в его силах. На него вновь полились потоки клеветы: ему было предъявлено ложное обвинение в том, что он анатомировал ещё живого человека. Везалий тщетно пытался доказать свою невиновность.