В составе флота находились 2 линкора, 2 крейсера, 2 лидера, 19 эсминцев, 7 сторожевых кораблей, 34 тральщика, 4 надводных заградителя, 2 канонерские лодки, 63 торпедных катера, 65 подводных лодок, 26 малых охотников, 4 бронекатера, 9 катеров-тральщиков, 11 посыльных судов, 133 вспомогательных плавсредств.

Организационно в эти силы входили: эскадра кораблей (командующий контр-адмирал Д.Д. Вдовиченко), включавшая линкоры «Марат», «Октябрьская Революция», 3-й, 4-й, 5-й дивизионы эсминцев, дивизион сторожевых кораблей;

Отряд легких сил (командир контр-адмирал В.П. Дрозд) в составе крейсеров «Киров» и «Максим Горький», 1-го, 2-го дивизиона эсминцев.

1-я бригада подводных лодок (капитан 1-го ранга Н.П. Египко) в составе 1, 2, 3 и 4-го дивизионов; 2-я бригада подводных лодок (капитан 2-го ранга А.Е. Орел) в составе 6, 7 и 8-го дивизионов; учебная бригада подводных лодок (контр-адмирал А.Т. Заостровцев); 1-я бригада торпедных катеров (капитан 2-го ранга В.С. Чероков) в составе 1-го и 2-го дивизионов, 2-я бригада торпедных катеров (капитан 2-го ранга В.А. Саламатин) в составе 3-го и 4-го дивизионов; шхерный отряд кораблей; отряд минных заградителей; отдельный учебный дивизион подводных лодок; отряд вновь строящихся кораблей.

Тральные силы КБФ – 1-й и 2-й дивизионы БТЩ, 3-й и 5-й дивизионы ТЩ, 2-й дивизион КАТЩ. 25 июля была сформирована бригада траления.

Проходили испытания и вступили в строй уже после начала войны 4 эсминца, 1 БТЩ, два сетевых заградителя, 6 подводных лодок, 54 различных катера.

В первые дни войны из состава ВМУЗ, НКВД, различных гражданских ведомств были мобилизованы, вооружены и поступили в состав КБФ 70 тральщиков, 5 сторожевых кораблей, 16 канонерских лодок, 41 «малый охотник», 7 плавучих баз, военные транспорты и ледоколы.

К началу войны береговая оборона КБФ насчитывала 22 артиллерийских дивизиона, три железнодорожных дивизиона, восемь отдельных артиллерийских батарей, два бронепоезда и четыре отдельные железнодорожные батареи (всего 253 орудия, не считая 60 стволов калибров 45 и 76,2 мм). Около половины их находилось на вооружении батарей восточной части Финского залива. Морская пехота была представлена 1-й особой бригадой.

Противовоздушная оборона КБФ, организационно входившая в состав военно-морских баз, имела семь зенитно-артиллерийских полков, восемь отдельных дивизионов и три отдельные батареи (всего 91 батарею – 352 орудия). Общее руководство ПВО осуществлял начальник ПВО флота генерал-майор береговой службы Г.С. Зашихин.

Военно-воздушные силы флота (командующий – генерал майор авиации В.В. Ермаченков, с 15.07.41 – генерал-майор авиации М.И.Самохин) в своем составе имели 8-ю бомбардировочную авиационную бригаду, 10-ю авиационную бригаду, 61-ю истребительную авиационную бригаду и отдельные эскадрильи – всего 656 самолетов. Авиация флота находилась в стадии перевооружения на новую технику и была укомплектована в основном самолетами устаревших типов. Серьезным недостатков флотской авиации было то, что она укомплектовывалась самолетами, которые создавались по заданию ВВС Красной Армии и не отвечали специфике флота. В частности, из-за малого радиуса действия истребителей, наши корабли несли серьезные потери.

Система базирования флота включала главную военно-морскую базу (Таллин), военно-морские базы Ханко (генерал-майор С.И. Кабанов), Кронштадтскую (контр-адмирал В.И. Иванов), Прибалтийскую (контр-адмирал П.А. Трайнин), а в ее составе – Либавскую (капитан 1-го ранга М.С. Клевенский). Каждая военно-морская база имела корабли и катера охраны водного района (ОВР), противовоздушную оборону, береговую оборону, части специального и тылового обеспечения.