Новые ВМБ были совершенно не приспособлены для базирования военного флота. По существу, кроме акваторий и ограниченного причального фронта, почти ничего не было, ремонтные базы существовали только в Либаве и Таллине. Гавани, оставшиеся без изменений еще от царской России, а местами пришедшие в ветхость, не были рассчитаны на базирование таких кораблей, как эсминцы, не говоря уже о более крупных. Необходимо было выполнить большой объем строительных работ по созданию инфраструктур баз флота.

Увеличение протяженности береговой черты, количество портов и рейдов, удаленность новых ВМБ на большом расстоянии друг от друга (Либава, Таллин, Ханко, Рига) и, в особенности от тыловой базы Кронштадта, для поддержания морских сообщений и рейдовой службы требовали наличия многочисленного вспомогательного флота. Но его не хватало даже до 1940 г., в условиях мирного времени. Например, нефтеналивных судов имелось всего четыре, водоналивных – два. Подавляющее число вспомогательных судов имело за плечами не один десяток лет службы. Нехватка вспомогательного флота приводила к перебоям в своевременном подвозе необходимых видов снабжения и ставила готовность соединений КБФ в зависимость от наличия свободного тоннажа. Между тем слабо развитая промышленность Прибалтийских республик, недостаточно развитая железнодорожная сеть, а также отсутствие возможности создавать в базах необходимые запасы (из-за отсутствия складов), начатое большое оборонительное строительство требовало постоянного и весьма оживленного морского сообщения между новыми базами и тылом КБФ.

ВМБ Ханко, по существу, имела связь с остальными базами только морским путем, т. к. железнодорожная связь была обусловлена специальным договором с Финляндией, и перевозки секретными быть не могли.

Большое увеличение протяженности морской границы требовало развертывания береговой обороны в новых районах базирования флота. Такие пункты, как Либава, Виндава, Ирбенский пролив, острова Моонзундского архипелага, Ханко, Биорке, совершенно не имели обороны с моря.

К началу войны программа строительства береговой обороны не была закончена. Ряд батарей заканчивался строительством в ходе войны. Круговая оборона островов и батарей, которая понадобилась во время войны, не была предусмотрена.

Важнейшим был вопрос о создании сухопутной обороны. Таким образом, хотя флот и получил выгодные позиции на Балтийском море и Финском заливе, эти позиции для действий флота оборудовать не успели.

По предвоенным документам оборона военно-морских баз с суши возлагалась на армию, а флот должен был решать эту задачу с моря и воздуха. Ни одна из военно-морских баз КБФ, кроме Ханко, не имела заранее подготовленной сухопутной обороны.

Сухопутная оборона района Либава – Рига была возложена Генеральным штабом на Прибалтийский особый военный округ. Но к началу войны у Либавы ничего реально создано не было. К строительству сухопутной обороны на островах Эзель и Даго ПрибОВО приступил только перед началом войны, но с началом ее было свернуто вследствие ухода частей ПрибОВО.

К летней кампании 1941 г. работа в указанных направлениях была в полном разгаре, но для завершения ее требовалось время – около двух лет. Таким образом, начало войны, даже без внезапного нападения противника, неизбежно ставило КБФ в невыгодные для него условия.

К началу Великой Отечественной войны КБФ являлся самым сильным из флотов Советского Союза. Командующим КБФ в течение всей войны был вице-адмирал В.Ф. Трибуц; членами Военного совета дивизионный комиссар М.Г. Яковенко, Н.К. Смирнов, А.Д. Вербицкий; начальником штаба – контр-адмирал Ю.А. Пантелеев, с 29.9.41 – вице-адмирал Ю.Ф. Ралль.