Однако в строительстве флота и в его подготовке к войне имелись и существенные недостатки. Большое количество кораблей, преимущественно подводных лодок и эсминцев, находилось в стадии достройки. В количественном отношении состав флота не соответствовал большим задачам, вставшим перед ним. Особенно остро чувствовался недостаток в тральщиках, особенно быстроходных (БТЩ), которые могли обеспечивать противоминную оборону кораблей эскадры и ОЛС, на вооружение флота не поступили тралы для борьбы с неконтактными минами. Не менее остро чувствовался недостаток в эсминцах, надводных минных заградителях, сторожевых кораблях малых охотниках, мореходных торпедных катерах. Отсутствовали специальные десантные корабли. В составе КБФ имелись четыре минных заградителя. Из них два были переоборудованы из судов других классов, имели большое водоизмещение и осадку. Два других достались от бывшего эстонского флота и представляли собой скорее музейные экспонаты (бывшие озерно-речные пароходы с гребными колесами). Не было малых заградителей для действий в шхерах и на мелководье.

Начиная с 1927 г. строились практически однотипные торпедные катера, но в большом количестве. Они имели малый радиус действия, плохую мореходность, примитивные желобковые торпедные аппараты, скопированные с английских катеров времен Первой мировой.

Не хватало танкеров, водоналивных судов и других вспомогательных судов.

Одним из недостатков организации и планирования военного судостроения в предвоенные годы являлось то, что в постройке одновременно находилось большое количество кораблей, в результате усилия заводов распылялись на многих объектах, оставался большой процент незавершенного производства, срывались сроки сдачи кораблей. К началу войны в различных стадиях производства находились 219 кораблей. С началом Второй мировой войны продолжать строительство линкоров, тяжелых и легких крейсеров, находившихся еще на стапелях, стало бесперспективным, работы на них сворачивались. Одновременно ускорялась постройка эсминцев, подводных лодок, тральщиков.

Были допущены просчеты в вооружении кораблей и катеров. Если наши эсминцы и сторожевые корабли были сравнимы по мощи огня с аналогичными кораблями противника, то германские тральщики имели двойное преимущество (одно-два 105-мм орудия, три 37-мм пушки против одного 100-мм орудия и одной 45-мм пушки на нашем). Немецкие торпедные катера имели две 47-мм или 37-мм пушки и одну 20-мм против одного-двух пулеметов на наших. Катера-тральщики у противника имели одну-две 37-мм автоматические пушки, а советские – один-два пулемета.

На вооружении большинства кораблей в качестве зенитных орудий находились уже устаревшие и малоэффективные 45-мм полуавтоматы. Новые скорострельные 37-мм автоматические пушки только начали поступать на флот. До начала войны их успели установить только на линкоры и на достраивающиеся эсминцы.

На советских кораблях отсутствовали современные приборы обнаружения противника – радиолокационные и гидроакустические станции.

Корабельный состав флота, особенно надводного, являлся весьма молодым. Так, крейсер «Максим Горький» вступил в строй в самом конце 1940 г. Из 14 находившихся в строю новых эсминцев только 5 вступили в строй до 1939 г., из числа остальных 4 – в мае 1941 г., 3 – в июне, 2 – в первые дни войны. К началу войны соединения кораблей только приступили к огневой подготовке и сколачиванию подразделений кораблей для совместных боевых действий.

Имелись пробелы в боевой, тактической и оперативной подготовке флота и отдельных соединений. Были недостаточно отработаны тактическое взаимодействие разнородных сил, новые способы и приемы войны на море. В частности, не практиковалось совместное плавание боевых кораблей с тральщиками, особенно в ночное время. Не изучались способы стрельбы по скоростным и особенно пикирующим самолетам.