Наконец, он выступил также на муниципальных выборах от Рабочей социалистической партии, сотрудничая в ее газете, где излагал учение Маркса в свете законов эволюции. В мае 1892 г. Лапуж получил на выборах всего 2549 голосов и в том же году написал эссе о Марксе, определяя его философию, как синтез гегельянства и материализма. Французский историк Жан Буассель указывает, что был обнаружен красный партийный билет Лапужа. Мало того, в личном архиве последнего сохранились анонимные письма, в которых некий корреспондент добавляет к подписи название своей масонской ложи и степень по шотландскому ритуалу. Но следует подчеркнуть, что так делают только в тех случаях, когда и сам адресат является масоном.

В результате откровенно «левой» политической активности Лапужа руководители литературного, юридического и медицинского факультетов запретили ему преподавание в начале 1892/93 учебного года. Ученый признавался в письме к антропологу Колиньону: «Как я уже сообщал Вам, мой курс запрещен решением факультета. В настоящее время во Франции не осталось ни одного практикующего антрополога, кроме Вас. Это странно, потому что антропология – это французская наука и ее очагом является Франция».

Идеи Лапужа встречали все большее сопротивление, но несмотря на это, он продолжал интенсивно заниматься раскопками и собирать большую антропологическую коллекцию. В 1893 г. он был вынужден перебраться в Университет г. Ренна в Бретани, но и это не улучшило его положение. Ученый и там не смог читать лекции, хотя за эти годы сформировал поистине уникальную коллекцию и произвел 20 тыс. измерений на бретанских рекрутах. После этого началась настоящая травля. Его работе стали мешать, используя для этого произвольное толкование законов и полицейские предписания. Лапуж живописал об этом в своих воспоминаниях «Как во Франции убивали антропосоциологию» следующим образом: «Возникла угроза моим коллекциям из-за якобы нарушенного закона о погребениях. Я был вынужден отослать лучшие части за границу, а остальное закопать в своем саду. Полиция грозила привлечь меня к ответственности за то, что я фотографировал голых людей! А какой был смысл снимать их в шляпах, пиджаках и штанах? Я был вынужден прекратить свои фотографические исследования, равно как и исследования костей. Мне запретили измерения новобранцев, так как это не предусмотрено военным уставом и нарушает свободу личности».

Все это напоминает запрет анатомии Католической церковью в Средние века, только в данном случае «просвещенное» и «свободомыслящее» правительство и обывательская общественность во имя демократии выступали против всего, что мешало их самодовольному существованию. Ученый переехал в Пуатье, где получил должность библиотекаря и мог хотя бы тайно коллекционировать черепа и обучать нескольких учеников. Надежды получить кафедру в Париже рухнули. Но и в Пуатье работы пришлось прекратить. Лапуж по этому поводу язвительно отмечал: «Еще публикуют статьи по доисторической археологии и монографии о черных и желтых племенах, но никто не осмелится написать о населении Франции».

Мы имеем также важное косвенное свидетельство об этом периоде жизни Лапужа. Известный французский поэт Поль Валери писал в своих воспоминаниях: «Я знал господина Ваше де Лапужа, когда он был младшим библиотекарем Университета в Монпелье, а я – студентом юридического факультета. Вот, что происходило с 1886 по 1892 г. Лапуж имел репутацию «оригинала», а некоторые находили его идеи опасными. Он с трудом добился разрешения читать свободный курс в помещениях факультета, а иногда ему даже отказывали в освещении зала, где он собирал своих слушателей. Я был на некоторых его лекциях, в частности по евгенике. Меня удивило такое плохое отношение к человеку, излагавшему идеи, которые, что бы о них ни говорили, были совершенно новыми и стимулировали ум. Я тогда еще не знал, что стимулирование ума не входит в программу университета. Я часто беседовал с Лапужем. Он почти всегда меня забавлял, часто заинтересовывал. Не очень-то доверяя его теориям (особенно его краниометрическим исследованиям), я не был сторонником деления людей на расы с опорой на Гобино, тогда совершенно неизвестного во Франции и странным образом повлиявшего на Вагнера, Бисмарка и Ницше, не говоря уже о Чемберлене. Я помог Лапужу измерить 600 черепов с одного старого кладбища. Признаться, исследование головных указателей и деление этих несчастных голов на долихо-, мезо– и брахицефальные немногому меня научили, но из массы бесполезных вещей, которые я изучил, эти измерения не были более бесполезными, чем все прочее».