Самым заметным среди противников Лихудов сразу по их прибытии в Россию стал Сильвестр Медведев, справщик Печатного двора и ученик Симеона Полоцкого, объявивший себя его наследником как придворного поэта. После того как двух греческих преподавателей было решено поставить во главе академии, мечта Медведева возглавить ее самому обратилась в прах. Столкнувшийся с такой помехой своим амбициям, Медведев предпринял наступление и на личном, и на интеллектуальном фронте. Во второй половине 1680‐х годов он и его сторонники беспрестанно обвиняли Лихудов в невежестве, вероломстве, шпионаже и тайном католицизме. Вскоре после прибытия братьев в Москву вспыхнул конфликт по поводу евхаристии. Иоанникий и Софроний, будучи главными учеными мужами в академии, никак не могли уклониться от участия в нем.

Прения о евхаристии начались в Западной церкви в XIV веке. В центре этих дебатов стоял вопрос о том, в какой именно момент церковной службы происходит пресуществление хлеба и вина в плоть и кровь Христовы. Позиция католической церкви заключалась в том, что это превращение совершается одновременно со словами освящения хлеба и вина, то есть в тот момент, когда повторяется приглашение Христа, обращенное к его ученикам: «Приимите, ядите: сие есть Тело Мое… пейте из нее все, ибо сие есть Кровь Моя» (Мф 26:26–28). В свою очередь, восточные православные церкви стояли на том, что полное превращение совершается только вместе со словами священника (эпиклезой), призывающего Святой Дух сойти в хлеб и вино. Впрочем, к XVII веку под влиянием критики со стороны протестантов, а также аристотелевской физики с ее различием между формой и материей смысл дискуссии свелся к обсуждению вопроса о том, происходит ли превращение на самом деле. При этом сама борьба приобрела более серьезные масштабы, потому что затрагивала ключевую часть богослужения – пресуществление элементов. Расширение контактов между протестантской и православной церквями, а также все более значительное проникновение категорий аристотелевской философии в теологические и догматические труды православных ученых мужей привели к тому, что учение о евхаристии стало обсуждаться православными богословами в западных, схоластических терминах191.

Лучшей работой, посвященной развертыванию этого конфликта в России, до настоящего времени остается монография Кэти Поттер. Согласно ее трактовке, в Москве конфликт по поводу евхаристии развивался вокруг точного момента превращения, а не вопроса о том, происходит ли оно на самом деле. Эти дебаты начались приблизительно в начале 1680‐х годов как частный диспут между монахами Сильвестром Медведевым и Евфимием Чудовским, работавшими справщиками на Московском печатном дворе192. Медведев утверждал, что превращение происходит одновременно со словами Христа, в то время как Евфимий настаивал, что для завершения превращения необходимо, чтобы священник призвал Святой Дух. В целом две эти позиции соответствовали учению католической и православной церквей соответственно, хотя и Медведев, и Евфимий, и сторонники каждого из них считали себя защитниками православного учения. Таким образом, диспут сводился к интерпретации богослужебной практики, а не к богослужебным ритуалам. Как указывает Поттер, существовал важный подтекст, благодаря которому этот личный диспут в итоге перерос в более широкую дискуссию, затрагивавшую вопрос духовной и административной власти в московской церкви. По ее словам, патриарха Иоакима заботила не только точная формулировка православного учения, но и необходимость сохранить достоинство своей должности и контроль над насаждением церковного учения и духовного просвещения. Политика Иоакима по отношению к непокорным иерархам, раскольникам-старообрядцам и тем, кто посягал на его власть, свидетельствует о его последовательных усилиях утвердить в церкви авторитет патриарха. В свою очередь, Медведев не желал признавать эти прерогативы за патриархом. Отстаивая действенность слов Христовых, монах Медведев по сути принижал роль священнослужителя в литургии и фактически подрывал власть церкви. Согласно его трактовке, священник, проводящий церковную службу, лишался позиции важного посредника между божественным присутствием в Святых дарах и верующей паствой. Превращение хлеба и вина в плоть и кровь Христовы могло завершиться и без его вмешательства. Как полагал Медведев, каждый верующий принимал личное участие в таинстве пресуществления благодаря благодати, которой его наделял Святой Дух. Защищая такую точку зрения, указывает Поттер, Медведев подрывал и духовный авторитет рукоположенных священнослужителей, и их роль как сеятелей веры. Такое принижение роли рукоположенных священнослужителей шло вразрез со стремлением патриарха Иоакима повысить статус последних как духовных вождей паствы. Таким образом, заявления Медведева бросали вызов попыткам патриарха Иоакима выстроить в рамках церкви четкую иерархическую вертикаль, в которой патриарх приобретал верховный авторитет и в административных, и в духовных вопросах