Для решения оперативных вопросов и в целях повышения эффективности работы Правительства Хабаровского края Губернатор края Постановлением от 17.01.2002 №22 утвердил Положение о Президиуме Правительства Хабаровского края152 и состав Президиума при Правительстве Хабаровского края. Положением установлено, что заседания Президиума Правительства края проводятся по мере необходимости, но не реже двух раз в месяц. Заседания назначаются Губернатором края, а в его отсутствие – первым заместителем Председателя Правительства (в соответствии с распределением обязанностей). В случае рассмотрения Президиумом актов нормативного характера на заседание приглашается руководитель главного государственно-правового управления Губернатора и Правительства края.

В 2002 г. в целях повышения эффективности работы Правительства края Постановлением №28153 Губернатором было введено понятие «расширенное заседание Правительства»154, было разрешено участвовать в деятельности расширенного заседания Правительства края по обсуждению и выработке решений наравне с министрами следующему кругу должностных лиц: начальнику Управления внутренних дел Хабаровского края; начальнику Главного управления Центрального банка РФ по Хабаровскому краю; председателю совета ректоров высших учебных заведений Хабаровского края; руководителю аппарата Губернатора края; председателю совета по предпринимательству при Губернаторе края; председателю совета директоров промышленных предприятий и организаций Хабаровского края.

Что касается Краснодарского края, то реформирование краевых органов власти и управления здесь происходило не менее драматично и коснулось не только представительного, но и исполнительного органа.

Реформирование началось, как и в дальневосточных субъектах, с разгона представительных органов. Но если на Дальнем Востоке дело заканчивалось на местном уровне, то в Краснодарском крае вмешалось федеральное руководство. Так, несмотря на то, что председатель Краснодарского краевого Совета народных депутатов Н. И. Кондратенко неоднократно подчёркивал, что в крае деятельность ГКЧП не поддерживалась, но пресса настойчиво отвергала эти утверждения. В результате 23.08.1991 г. было подписано Постановление Президиума Верховного Совета РСФСР «Об освобождении председателя Краснодарского краевого Совета народных депутатов»155, в котором говорилось, что председатель крайсовета Н. И. Кондратенко освобождён от занимаемой должности в связи с его поддержкой ГКЧП, нарушением Конституции и законов РСФСР. Несколько ранее Президент РСФСР Б. Н. Ельцин своим Указом от 21.08.1991 №70 «Об отстранении от обязанностей председателей исполнительных комитетов краевого и ряда областных Советов народных депутатов РСФСР»156 отстранил от должности также председателя исполкома Краснодарского краевого Совета Н. И. Горового, ему тоже вменялась в вину поддержка ГКЧП.

Формирование новых органов исполнительной власти в крае началось 24.08.1991 г., когда Президент РСФСР Б. Н. Ельцин своим Указом157 назначил главой администрации Краснодарского края В. Н. Дьяконова. Но уже через год с небольшим по предложению демократического актива края им же был снят с должности.

Процесс формирования структуры администрации Краснодарского края длился до лета 1992 г. Именно к этому времени администрация смогла представить общую структуру администрации, которая была утверждена постановлением главы администрации от 29.06.1992 №315 «О структуре администрации Краснодарского края»158.

Структура администрации края не оставалась неизменной, постоянно происходили малые и большие реорганизации – как качественные, так и количественные. В последующие годы возросло количество заместителей главы администрации, число комитетов, управлений и отделов. По мнению официальных представителей администрации края, причинами, вызвавшими указанные изменения, были следующие: а) новые процессы, которые возникли в ходе осуществления экономических реформ; б) изменения геополитической ситуации на Северном Кавказе и в) новое геополитическое положение Краснодарского края