Алексей Михайлович умер неожиданно, практически безболезненно. Первым чувством, пронзившим Софью, было ощущение потери чего-то близкого, но вместе с ним явилось и предательское облегчение, словно струя свежего воздуха ворвалась в душную запертую комнату. Государем стал брат ее Федор, моложе ее тремя годами, больной, слабый и очень подверженный влиянию сестры. Софья постепенно, но с удовольствием вникала в дела государства, завела доселе не практиковавшийся порядок – она, женщина, присутствовала на царских докладах, а со временем без стеснения, прилюдно стала давать собственные распоряжения. Многие при дворе начинали понимать, кому принадлежит здесь реальная власть, но немногим это нравилось. В последние годы жизни царя Алексея сформировалась сильная партия Нарышкиных, тем более что у нее имелся сильный козырь – здоровый, умный царевич Петр, который подрастал в семье. Правда, у Федора Алексеевича и Софьи имелся еще младший брат Иван, но тот уж совсем был слабеньким.

Шаткость положения Софьи заставляла искать надежных друзей, она поставила на своего родственника Милославского и на понравившегося ей боярина Василия Голицына. Прошло время, и сердце холодной Софьи растопил Василий Васильевич – честный, умный слуга царевны.

27 апреля 1682 года в 4 часа пополудни народ толпами двинулся в Кремль для последнего прощания с умершим государем Федором. Для Софьи наступил решающий момент. Нарышкинская партия не дремала. Из ссылки спешил в Москву первый помощник Натальи Кирилловны Артамон Сергеевич Матвеев, взбодрился и брат вдовствующей царицы Иван. Оппозиция Софье собиралась сильная, активная, умная. Заседание Государевой думы открылось речью патриарха Иоакима, который объявил, что царевич Иоанн Алексеевич от престола отрекся в пользу своего брата. Вначале наступило молчание, а потом бояре, за исключением немногих приверженцев Софьи, размыслили, что здоровый, набирающий силу Петр будет достойной надеждой русского престола.

Софья решила бороться до конца. Ядром русской военной силы в XVII веке были стрельцы, которые не раз отличались на поле брани и в мирной гарнизонной службе, однако они к концу столетия превратились в «государство в государстве», в образования, мало подчинявшиеся правительству и представлявшие собой некий род «вольницы». На этих буйных, малоуправляемых людей и решила поставить Софья. С помощью приближенных бояр удалось разыграть классический русский бунт – «бессмысленный и беспощадный». Был распространен слух, будто «Ивашка Нарышкин издевался над царевичем Иоанном, примерял его корону, а потом несчастного-то и порешил». Громадные толпы пьяных стрельцов ворвались в Кремль. Наталья Кирилловна бросилась к образам, губы ее в отчаянии едва шевелились, и скорбные звуки никак не слагались в слова молитвы. Толпа на площади ревела о смерти Иоанна. Думные бояре, заседавшие в Кремле, решили немедленно показать обоих братьев разъяренным бунтовщикам. Доведенная до отчаяния царица в сопровождении патриарха вывела обоих сыновей на Красное крыльцо. Шестнадцатилетний больной Иоанн дрожал от испуга, его загноившиеся подслеповатые глазки моргали от напиравших слез. Петр смотрел смело, и лишь подергивание лицевого нерва указывало на сильное внутреннее потрясение. Однако пьяную толпу легко спровоцировать на беспорядки, но трудно успокоить. После небольшого затишья агенты Софьи стали требовать выдачи изверга Ивана Нарышкина, который глумился над царевичем. Бунтовщики снова бросились штурмовать Красное крыльцо. Их попытался остановить князь Долгорукий, однако безумная толпа пронзила десятками копий грузное тело князя, и ручьи крови обагрили ступени. Это была первая жертва кровавого бунта. Два дня лютовали бунтовщики в Москве, убивая и грабя жителей. Нарышкины были разгромлены – страшной смертью погибли Матвеев, Иван Кириллович. Царица заперлась с сыном во дворце, дрожа от страха.