За победу при Рымнике Суворов был награжден орденом Св. Георгия 1‑й степени и именем графа Суворова-Рымникского.

Большую часть кампании 1790 года Суворов находился у Бырлада, обеспечивая связь с австрийскими войсками. Но уже в августе Австрия заключила с Турцией сепаратный мир, и теперь суворовские войска, выдвинутые к Бухаресту в ожидании решительных действий, могли быть отрезаны превосходными силами противника. Суворов получил приказ о возвращении и подготовке к действиям на Дунае.

25 ноября он получил новый неожиданный приказ – отправляться в район крепости Измаил и принять командование над осаждавшими его русскими войсками.

До приезда Суворова осада Измаила велась нерешительно. Отсутствовало единое командование русскими войсками. Среди солдат начались болезни. Поэтому Суворов был наделен самыми широкими полномочиями. Он мог даже определить, можно ли штурмовать Измаил или следует вернуться домой на «зимние квартиры».

2 декабря Суворов прибыл к Измаилу и узнал, что накануне на военном совете было принято решение о снятии осады и об отступлении. Но, ознакомившись с обстановкой, Суворов приказал начать подготовку к штурму.

Силы русских и турок были приблизительно равны (31 тысяча русских против 35 000 турок), и лишь по орудиям осаждающие войска имели значительное преимущество (500 русских против 265 турецких).

План Суворова предусматривал атаку крепости тремя группами под командованием П.С. Потемкина, А.Н. Самойлова и И.М. Дерибаса. В составе каждой группы было по три колонны. Штурм крепости поддерживался огнем гребной флотилии на Дунае. Эта же флотилия под командованием Дерибаса высаживала одну из действующих в штурме групп. Севернее Измаила находился 2,5‑тысячный резерв. За короткий срок – 5 дней – подготовительный этап был завершен.

В крепость были направлены письма Потемкина и Суворова с требованием сдачи Измаила. На размышление давалось 24 часа. Комендант крепости отклонил это требование и просил на 10 дней заключить перемирие. Однако Суворов в следующем письме объявил, что «пощады им не будет». На следующий день состоялся военный совет, который целиком высказался за штурм Измаила. Тогда Суворов вновь отправил сераскиру письмо, в котором требовал безоговорочной капитуляции, предоставляя один день на размышление.

Поскольку ответа коменданта не последовало, русские батареи 10 декабря начали артиллерийский огонь по стенам крепости.

В 3 часа ночи 11 декабря войска стали выдвигаться к стенам крепости, а в 5 часов по сигналу пущенной ракеты двинулись на штурм Измаила. К 11 часам утра войска ворвались в город. Однако бой на его улицах продолжался еще несколько часов.

С падением Измаила турки лишились своего господства в низовьях Дуная. Суворов выехал в Петербург для доклада императрице.

Вследствие новой размолвки с Потемкиным по вопросу награды за штурм Измаила Суворов уже не принимал участия в завершающем этапе Русско-турецкой войны 1787–1791 годов.

В начале мая 1791 года Суворов был послан на русско-шведскую границу осматривать пограничные укрепления. По возвращении в столицу он представил доклад о мерах по усилению пограничных укреплений. После одобрения доклада императрица в июле возложила на Суворова общее командование русскими войсками в Финляндии. За короткий срок под его руководством были сооружены Роченсальмский порт и Сайменский канал на Карельском перешейке, составлены планы оборонительной и наступательной войны со Швецией, идеи которых были использованы впоследствии в русско-шведской войне 1808–1809 годов.

Вновь обострившиеся отношения с Турцией потребовали назначения Суворова на должность командующего войсками в Екатеринославской и Таврической губерниях. Но до войны с Турцией дело не дошло. Полководца ожидало новое назначение в уже знакомую ему Польшу, где после ее второго раздела началось восстание под руководством Тадеуша Костюшки.