Со смертью Петра III войска были возвращены в Россию, и Пугачев проходил службу в своей станице. Здесь родились его дети: сын Трофим и дочери Аграфена и Кристина. Спокойная служба дома прерывалась командировками, как, например, в Польшу для поиска и возвращения в Россию бежавших старообрядцев.

После начала русско-турецкой войны в 1769 году Пугачев в офицерском звании хорунжего был направлен к Бендерам. При взятии Бендер в 1770 году войсками генерала Петра Панина отличился и хорунжий Пугачев.

И здесь один из офицеров имел неосторожность сказать хорунжему Пугачеву: «Ах, как же ты похож на покойного императора Петра Федоровича».

Хорунжий эти слова запомнил, а через некоторое время встретился с недовольством Яицких казаков тем, что вместо выборных атаманов центральные власти стали войсковых атаманов назначать. Кроме того, ему рассказали, как жестоко было подавлено восстание Яицкого казачества весной и летом 1772 года. Тогда он решил, что может собрать народную армию и свергнуть правительство самозванной иностранки.

Но время для выступления еще не пришло. После отвода войск на зимние квартиры в Елисаветград Пугачев заболел («гнили у него грудь и ноги»). В дальнейшем рубцы после язв на груди он выдаст своим сообщникам за знаки монаршего происхождения. От лечения в лазарете отказался, лечился народными средствами и вследствие уклонения от службы оказался беглым казаком.

Во время своих скитаний с несколькими поимками и побегами он часто встречался с казаками различных станиц, в большинстве своем староверческими. После более чем года такой жизни, он в августе 1772 года получил, наконец, предписание на поселение в Малыковскую волость на Волге.

Восстание Яицкого войска

Приехав на место, он в старообрядческом ските Введения Богородицы встретился с игуменом Филаретом, главой старообрядческой общины на Иргизе, левом притоке Волги. От него он услышал о недавних волнениях в Яицком войске. О Господи, не волнениях, а настоящем восстании с расстрелом людей, женщин и детей из пушек картечью, с убийством женщинами высланного на усмирение восстания генерала Тотлебена, с осуждением на колесование и виселицу, а также высылку в Сибирь, многих десятков казаков с семьями. Это была настоящая война Яицкого казачества за свои старинные справедливые, как они считали, устои, поколебленные центральной властью.

Московское правительство переселяло казаков в зависимости от политической ситуации на новые пограничные рубежи, что вызывало их неудовольствие, но главное, у них отняли право выбора старшин, заменив его назначением их сверху. Это привело к тому, что казачество разделилось на «старшинских» и «войсковых». Первые были начальниками, вторые – рядовыми, и это привело к злоупотреблениям властью и назаконному обогащению «старшины». Так, во время весеннего лова рыбы простые казаки сетовали на то, что «старшинские привозили до 30—40 возов рыбы, а рядовые – только 2—3 воза». Разница существенная, и она была бы невозможной при старой системе избрания старшин.

Во время посещения Пугачевым Яицкого городка участники недавних событий рассказывали ему, выдававшему себя за купца, об обидах, терпимых казаками от правительства и «старшинской» стороны, о преследованиях скрывающихся казаков и о строгих приговорах им при их поимке.

«Я вить не купец, а государь Петр Федорович»

Когда речь дошла до того, что имеются слухи о том, что на Волге объявился спасшийся государь Петр III, Пугачев вдруг заявил: «Я-де вить не купец, а государь Петр Федорович, я та-де был и в Царицыне, та Бог меня и добрыя люди сохранили, а вместо меня засекли караульного солдата, а и в Питере сохранил меня один офицер».