В 1892 году сформировали новую строительную комиссию. Вице-председателем ее стал генерал-лейтенант Н.А. Скалой, которого позднее сменил граф И.Д. Татищев. Из архитекторов в ее состав входили Э.И. Жибер, М.Т. Преображенский, А.А. Парланд. Однако строительные и отделочные работы продвигались медленнее, чем планировалось. Одной из причин этого считали бюрократизм в деятельности комиссии (особенно при Н.А. Скалоне).
В 1890-1891 годах скульптор Г. Ботта и мастер Андреев исполнили из алебастра большую (высотой 3,5 м) раскрашенную модель храма, которую выставили на месте постройки. К возведению сводов, арок и парусов приступили лишь в 1893 году. В следующем году закончили главный объем здания и выложили гранитное кольцо в основании центрального барабана. Стены и детали фасадов облицовывались долговечными и прочными материалами: эстляндским мрамором (работа фирмы «Кос и Дюрр», 1890-1896 годы) со вставками из белого известняка (мастерская А.Е. Благодарева), орнаментированным кирпичом (1895-1897 годы), изготовленным на Зигерсдорфских заводах в Германии, и цветными плитками, заказанными Императорскому фарфоровому заводу. На Петербургском металлическом заводе были смонтированы конструкции куполов и железный каркас шатра. В 1896 году началась отливка колоколов на заводе П.Н. Финляндского в Москве. Оригинальной новинкой стало покрытие глав эмалированными медными пластинами. Яркие полихромные купола создавались в 1896-1898 годах на фабрике А.М. Постникова в Москве, там же изготовили и золоченые кресты.
А. А. Парланд у модели храма Воскресения Христова. 1890-е гг.
6 июля 1897 года в присутствии молодого императора Николая II состоялось торжественное поднятие главного креста. От Казанского собора к месту строительства направился крестный ход, и на глазах императорской семьи и многочисленной публики крест был водружен на шатре храма с помощью специальных приспособлений всего за 15 минут.
Осенью того же года оконченную вчерне постройку осматривали представители Санкт-Петербургского общества архитекторов, выразившие восхищение тщательностью исполнения всех конструктивных частей здания и деталей его отделки. Среднюю, надалтарную главу по предложению художника П.П. Чистякова выложили золоченой смальтой (работа мозаичной мастерской Фроловых). Главы боковых апсид и колокольни покрыты в 1897-1900 годах золоченой медью. Правда, здесь случился казус. Купол колокольни быстро потемнел, и в 1911-1913 годах позолоту заменили кантарельным покрытием под наблюдением В.А. Фролова.
В марте 1900 года принимали художественные работы. Здание постепенно освобождалось от лесов, но стояло еще без крылец – они были сооружены после окончания осадки, в 1900-1901 годах. Тогда же на фасадах засверкали эмалированные изразцы, созданные в керамической мастерской М.В. Харламова. К 1905 году на цоколе установили мемориальные доски из темно-красного норвежского гранита – летопись жизни Александра II и главных событий его царствования. В 1905-1907 годах по рисункам художника И.И. Смукровича выполнены входные двери из накладной бронзы, инкрустированной серебряным орнаментом.
Одновременно велась внутренняя отделка с использованием более десятка пород самоцветов. В убранстве интерьера участвовали лучшие отечественные и итальянские фабрики. Шатровую сень над «памятным местом» создавали с 1893 года мастера Колыванской, Екатеринбургской и Петергофской гранильных фабрик. Мраморный иконостас (установлен в 1901-1907 годах) изготовлен в Генуе фирмой Д. Нуови, царские врата из чеканного серебра с эмалью – на фабрике «Братья Грачевы», кресты из топазов – на Петергофской гранильной фабрике. Гипсовые модели для деталей иконостаса и киотов исполнили лепщики Сверчков и Степанов. Наборный мраморный пол создавался в 1902-1903 годах тоже в Генуе. Оборудование храма выполнили с учетом новейших технических достижений. Систему пародухового отопления разработала контора инженера С .Я. Тимоховича, электрического освещения – Русское общество «Шуккерт и Кº». Металлическую корону для электроламп в главном куполе изготовили на фабрике Берто.