При императоре Павле 3 декабря 1796 г. он – шеф Рижского кирасирского полка, стоявшего на квартирах в Риге, но вскоре одним из первых подвергся немилости.

В это время в Риге по приказанию императора была приготовлена торжественная встреча для бывшего польского короля Станислава-Августа, ехавшего в Петербург. В назначенный день расставили на улицах почётную стражу, приготовили парадный обед. Но король не приехал. Как раз в этот день через Ригу проезжал, будучи выслан из Петербурга, опальный князь П. Зубов. Увидев русского генерала, стража отдала ему честь, а затем ему достался и… королевский обед.

Когда это стало известно императору Павлу, то он пришёл в бешенство и в январе 1797 г. уволил Пален от должности губернатора «за почести и встречи, делаемые партикулярным людям, как-то при проезде князя Зубова, и за отлучку в Митаву для провожания его же», а 26 февраля еще и отставил от должности шефа Рижского кирасирского полка, заодоно «выключив из службы».

И тем не менее, очень скоро «провинившийся» Пален опять оказался «на коне»: его приняли на службу с назначением инспектором кавалерии и командиром элитного л.-гв. Конного полка.

Петр Алексеевич все правильно понимал и весьма иронично сравнил свою краткую опалу и свой мгновенный фавор «с теми маленькими куколками, которых можно опрокидывать и ставить вверх дном, но которые опять всегда становятся на ноги».

С помощью всесильного павловского брадобрея графа Кутайсова Пален быстро приобрёл доверие императора. Сказались его исключительные способности придворного, испытанная изворотливость, неизменно хорошее настроение, умение вовремя ответить и непоколебимый апломб. Столь же скоро он снискал также уважение и императрицы Марии Федоровны и фаворитки Нелидовой: представительный – большого роста, широкоплечий, с очень благородным лицом, веселый и игривый, умный и проницательный Пален умел производить впечатление на женщин.

Пользуясь безграничным доверием Павла I, в течение трёх лет (с 1798 по 1801) Пален был военным губернатором Санкт-Петербурга, инспектором 6 военных инспекций, великим канцлером Мальтийского ордена, главным директором почт, членом совета и коллегии иностранных дел.

В августе 1800 г. граф Пален был не на долго (до 21 октября) уволен с должности губернатора, так как император на случай готовившейся им войны с Англией поручал ему командование одной из армий, собиравшейся в то время у Брест-Литовска. На пробных маневрах Павел остался им так доволен, что тут же, близ Гатчины, возложил на него большой крест Мальтийского ордена.

Пока Пален руководил жизнью столицы (1798—1801), им был утвержден городской устав (1798), окончено возведение Михайловского замка и здания Морского кадетского корпуса, на Марсовом поле появились памятники П. А. Румянцеву и А. В. Суворову, в столицу перемещён из Кронштадта чугунолитейный завод.

В последние месяцы своего пребывания во властных структурах, помимо руководства столицей, он заведовал и всей внешней политикой.

Более того, устроив опалу своему конкуренту в ближайшем окружении императора Ф. В. Ростопчину, Пален занял вместо него место первоприсутствующего члена Иностранной коллегии.

Кроме того, он ещё более усилил своё значение с приобретением (18 февраля 1801) поста главного директора почт, позволявшего ему просматривать корреспонденцию своих врагов.

Так или иначе, но его добродушие, весёлость, беззаботность были всего лишь маской под которой скрывался совсем другой человек, который вскоре показал свое истинное лицо.

А затем случилось то, что случилось!

В ночь на 12 марта 1801 г. от «апоплексического удара» скончался русский монарх Павел I!