Разногласия на съезде начались с проблемы Бунда. Бундовцы требовали автономии внутри партии, с правом вырабатывать собственную политику по проблемам евреев, а также признание Бунда единственным представителем среди трудящихся евреев. Ленин от имени «искровцев» организовал выступления евреев Юлия Мартова (Цедербаума) и Льва Троцкого (Бронштейна), которые были сторонниками ассимиляции евреев в России, и были против даже партийной автономии евреев. В результате съезд принял резолюцию против автономии Бунда в составе РСДРП.

Ленин считал национализм пережитком феодализма и боролся за ассимиляцию национальностей и однородность партии, хотя в комитетах РСДРП продолжали существовать фракции «Поалей Цион», «Рабочие Сиона». Данная фракция существовала во всех российских партиях, социалистического, марксистского уклона, кроме монархических.

Ленин настоял на том, чтобы в редакционном проекте были ясно сформулированы основные положения марксизма о диктатуре пролетариата, в этом вопросе Плеханов проявил колебания. «Экономисты» Акимов (Владимир Махновец), Пиккер (Александр Мартынов) и бундовец Либер выступили против включения в программу пункта, о диктатуре пролетариата, ссылаясь на то, что в программах западноевропейских социал-демократических партий этот пункт отсутствует. Лев Троцкий заявил, что осуществление диктатуры пролетариата возможно лишь тогда, когда пролетариат станет большинством «нации» и когда партия и рабочий класс будут «наиболее близки к отождествлению», то есть сольются. Характеризуя взгляды оппонентов как социал-реформистские, Ленин говорил, что «они дошли до оспаривания диктатуры пролетариата». Ленин резко выступил против попытки «экономистов» Мартынова и Акимова внести поправки в программу партии, подготовленную Лениным.

Дискуссия возникла по вопросу о праве наций на самоопределение. Против него выступали польские социал-демократы и бундовцы. Поляки считали, что этот пункт будет на руку польским националистам. Бундовцы выступали за культурно-национальную автономию евреев. Консенсуса по данному вопросу достичь не удалось, и фракция Бунда покинула съезд.

После изменения числа делегатов, голосованием съезд утвердил «искровскую» программу, состоящую из двух частей – «программы-максимум» и «программа-минимум». В программе-максимум говорилось о конечной цели партии, организации социалистического общества и об условии осуществления этой цели, социалистической революции и диктатуре пролетариата. Это выражалось пунктами программы:

– самодержавие народа, сосредоточение всей верховной государственной власти в руках законодательного собрания, составленного из представителей народа и образующего одну палату;

– всеобщее, равное и прямое избирательное право при выборах как в законодательное собрание, так и во все местные органы самоуправления для всех граждан и гражданок, достигших двадцати лет, тайное голосование при выборах, право каждого избирателя быть избранным во все представительные учреждения, двухгодичные парламенты, жалование народным представителям;

– широкое местное самоуправление, областное самоуправление для тех местностей, которые отличаются особыми бытовыми условиями и составом населения.

Программа-минимум освещала ближайшие задачи партии:

– свержение царского самодержавия;

– установление демократической республики;

– введение 8-часового рабочего дня, программный пункт Социалистического Интернационала;

– установление полного равноправия всех наций, утверждение их права на самоопределение, «право» не подразумевало его реализацию;

– уничтожение остатков крепостничества в деревне, перевести весь земельный фонд в собственность Советов. Ленин ставил своей задачей, лишить крестьянина статуса собственника земли и перевести его в разряд сельского пролетария;