Революционным трибуналам и народным судам предписывалось срочно пересмотреть списки осуждённых и досрочно освободить тех из них, кто не представляет опасности для Республики. Постановление о частичной амнистии было немедленно введено в действие по телеграфу.

Однако 9 дней спустя на заседании Президиума ВЧК постановили уточнить список тех, на кого объявленная амнистия не распространяется. В протоколе заседания 15 ноября 1918 года были перечислены 12 категорий арестованных и подозреваемых, в отношении которых предусмотренная постановлением Чрезвычайного съезда Советов амнистия не распространялась. Уточнённое толкование содержания постановления съезда приводилось в виде выписки из протокола заседания Президиума ВЧК за подписью заведующего Иногородним отделом В.В. Фомина. При этом отметим, что все 12 категорий лиц, на которых амнистия не распространялась, были перед этим согласованы и утверждены списком 18 ноября на заседании Президиума ВЦИК. Не подлежали амнистии: «1. Провокаторы. 2. Охранники. 3. Бывшие жандармы и полицейские. 4. Бывшие деятели черносотенных организаций. 5. Бывшие царские сановники. 6. Ведущие контрреволюционную агитацию попы. 7. Шпионы. 8. Лица, виновные в противосоветской агитации при исполнении ими служебных обязанностей. 9. Находящиеся в тайных сношениях с агентами империалистических государств и контрреволюционных государственных образований… 10. Виновные в контрреволюционной агитации среди Красной армии… 11. Виновные в саботаже, направленном к расстройству продовольствия, транспорта, организации снабжения Красной армии и 12. Виновные в хранении без разрешения взрывчатых веществ, складов оружия и т. д.»[41]. Постановление Президиума ВЧК было одновременно разослано во все губЧК с предписанием принять его к руководству и направить эти указания по всем уездам.

По своему служебному положению в ВЧК Варвара Николаевна, в той или иной степени вовлечённости, принимала участие во многих известных делах и разоблачениях контрреволюционных организаций и терактов против представителей советской власти. Убийство председателя Петроградской ЧК Урицкого произошло утром 30 августа 1918 года в Петрограде – в один день с ранением Ленина вечером в Москве. Член Коллегии ВЧК Яковлева была срочно направлена в Северную столицу для участия в расследовании гибели видного чекиста. Она была хорошо знакома с местными условиями, поскольку после октября 1917 года начинала работать в Петрограде на различных должностях в партийных и советских органах во взаимодействии с ВЧК. После переезда ВЧК вместе с советским правительством в Москву в марте 1918 года она тоже вернулась в новую столицу РСФСР. Летом того же года она получила назначение членом Коллегии ВЧК и одновременно заместителем заведующего Отделом по борьбе с контрреволюцией и завотделом по борьбе с преступлениями по должности.

Решением ЦК РКП(б) и руководства ВЧК на неё было возложено исполнение обязанностей заместителя председателя ЧК при СНК Северной области. В качестве заместителя она была включена в руководящий состав Петроградской ЧК, которую возглавил известный чекист из старых партийцев Г.И. Бокий. До трагической гибели Урицкого 30 августа 1918 года Глеб Иванович был его заместителем в Петроградской ЧК, и одновременно в период с 13 марта по 31 августа он состоял в должности заместителя председателя ЧК Союза коммун Северной области (СКСО). После смерти М.С. Урицкого по уже сложившейся практике Бокий возглавил одновременно Петроградскую ЧК и ЧК СКСО. Прибывшая в Петроград Яковлева фактически исполняла обязанности заместителя Бокия в ЧК СКСО. При этом обе чрезвычайные комиссии располагались в Петрограде. Именно на период руководства Бокия петроградскими чекистами приходятся основные репрессии в ходе объявленного в РСФСР с 5 сентября 1918 года красного террора против контрреволюционных сил в Республике.