Рыночные реформы потребовали корректировок существовавшей многие годы системы. В результате изменений, произошедших в экономике России и, в том числе, в банковской системе, железнодорожный транспорт столкнулся с серьезными проблемами, вызванными нарушением нормальных расчетов за перевозки, длительными сроками прохождения платежей в коммерческих банках и другими факторами. В этой ситуации невозможно было устойчиво финансировать эксплуатационные нужды отрасли и капитальные вложения, нормально рассчитываться с бюджетом.

Нерешение проблемы задержек в платежах и расчетах могло в буквальном смысле парализовать финансовую систему отрасли и в результате нарушить ее устойчивое функционирование.

Для того чтобы вновь узаконить систему доходных счетов МПС России, потребовалось более двух лет. Учитывая особенности образования и распределения доходов на железнодорожном транспорте, необходимость упорядочения взаимных расчетов между дорогами совместно с Центральным банком Российской Федерации только в 1994 году был восстановлен порядок проведения операций по доходным счетам министерства. МПС России и Банком России утверждено Положение о порядке проведения операций по доходным счетам МПС.

С учетом специфики расчетов за перевозки и сбора выручки существовал механизм денежного финансирования всей вертикали управления на железнодорожном транспорте в счет получаемых доходов. Для железных дорог существовала система авансового финансирования под доходы с основных доходных счетов МПС СССР. Железные дороги обеспечивали финансирование отделений и линейных предприятий под текущие нужды. При этом необходимо отметить, что фактическое поступление денежных средств в основном соответствовало получаемым доходам. Это связано с тем, что провозные платежи взыскивались банками с грузоотправителей в безакцептном порядке, независимо от наличия денежных средств на их счетах.

В 1992 году были внесены необходимые изменения в систему финансирования железных дорог, основанные на использовании лимитов авансового финансирования железных дорог. Лимит определялся с учетом получаемой железной дорогой выручки, ее планируемых расходов по всем позициям и взаимоотношений с МПС. В целях сокращения сроков прохождения денежных средств еще в 1992 году введено финансирование одними дорогами, собирающими основную массу сетевой выручки (погрузочными), других, выполняющих перевозочные операции, но не имеющих погрузки и, соответственно, выручки (транзитных). В целом лимит стал одним из инструментов, обеспечивающих устойчивую работу дорог в условиях платежного кризиса. [См. по данному разделу 29, 30, 31, 32, 33]

Внешние перемены вызвали и необходимость перемен в системе внутриотраслевых экономических отношений. МПС России и многие железные дороги стали искать пути таких изменений, но в отрасли (к сожалению, или к счастью) не было выработано единого подхода. Да и очевидно, что в условиях постоянно меняющегося законодательства, высоких темпов инфляции, кризиса платежей трудно было выработать единый подход к реформированию экономических отношений.