Характерной особенностью механизма внутриотраслевых экономических отношений того времени было наличие системы экономического стимулирования железных дорог, отделений железных дорог и линейных предприятий за выполнение отдельных качественных показателей работы, а также системы взаимных расчетов между железными дорогами, отделениями и линейными предприятиями. Расчеты осуществлялись, например, за заезды локомотивов одной дороги на другую, за использование предприятиями (станциями, дистанциями пути и т. д.) локомотивов для выполнения маневровой или иной вспомогательной работы.

Можно отметить, что при сложившейся структуре управления и системе хозрасчетных (экономических) взаимоотношений в 60-е, 70-е и в начале 80-х годов проблемы производственного взаимодействия отраслевых линейных предприятий и увязывания результатов их хозяйственной деятельности с общими экономическими параметрами перевозок решались, в основном, отделениями железных дорог или железными дорогами. Однако повышение технических возможностей и стоимостных параметров подвижного состава, путеремонтной техники, станочного парка и т. д. объективно сужало возможности отделений для решения таких задач.

Как уже отмечалось, специфичной являлась система расчетов за перевозки. Определяющим в этом стало то, что провозные платежи за перевозки грузов и пассажиров взыскивались на станциях отправления, но они принадлежат всем железным дорогам-участницам перевозки. Это вызывало необходимость расчетов дороги отправления грузов и пассажиров с транзитными дорогами и дорогами назначения. Выполнение таких расчетов обычными способами, которые применяются в промышленности между поставщиками и покупателями продукции трудно реализовать из-за большого объема перевозочных документов.

Для упрощения этих расчетов в учреждениях банков в крупных железнодорожных узлах и на станциях были открыты доходные счета, на которые ежедневно зачислялась выручка билетных касс, товарных контор и технологических центров по обработке перевозочных документов. Открыты такие доходные счета при управлениях дорог и при Министерстве путей сообщения. На эти счета собирается выручка от перевозок, являющаяся общесетевой собственностью.

Поэтому в отрасли создана общесетевая автоматизированная система, позволявшая формировать доходы железных дорог с учетом их индивидуальной себестоимости и завершать все расчеты по перевозкам между железными дорогами через 20 дней после окончания каждого месяца. При использовании существующих в промышленности принципов расчетов между предприятиями, участвующими в производстве конкретной продукции, вызвало бы существенные задержки в расчетах (ориентировочно на 3–4 месяца) или парализовало внутриотраслевые расчеты. В этом случае железные дороги должны определять размеры выполненных друг для друга перевозочных услуг по каждому факту перевозки, оформлять в общеустановленном порядке платежные документы и предъявлять их друг другу. При этом оплата указанных документов производилась бы в соответствии с установленной законодательством очередностью, соответственно, возникло бы увеличение объемов расчетных операций между железными дорогами.

До 1 июля 1992 года действовал порядок расчетов за грузовые перевозки и связанные с ними услуги, выполняемые железнодорожным транспортом, при котором банки зачисляли выручку на доходные счета МПС в день предъявления им железной дорогой расчетных документов с последующим безакцептным списанием денежных средств со счетов клиентов.

Однако при проведении реформ в экономике многие из указанных особенностей отрасли учитывались далеко не сразу или вообще не учитывались (и не могли быть учтены).