И в больницу, и в университет отец Валентин стал приходить в рясе с крестом на груди, кроме того он установил в операционной иконы Божьей Матери и стал молиться перед началом операции. Вскоре он был назначен четвёртым священником собора, служил по воскресеньям и на него легла обязанность проповеди.

В 1923 году Войно-Ясенецкий был пострижен в монахи, а спустя некоторое время рукоположен в сан эпископа. Из университета он был вынужден уйти – и тут же был арестован. Так началась его первая ссылка – в Енисейск, именно там ему и пришлось сделать памятную операцию по пересадке почки.

Потом последовали вторая, третья ссылки, служение церкви, лечение больных, работа в больницах и госпиталях, занятия наукой, чтение лекций.

Во время Великой Отечественной войны уже архиепископ Лука помогает собирать деньги для нужд фронта, на строительство танковой колонны имени Дмитрия Донского и авиаэскадрильи имени Александра Невского. В общей сложности за неполные два года было перечислено около миллиона рублей, огромные по тем временам деньги. В декабре 1945 года архиепископ Лука был награждён медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне». А за научные труды по медицине профессору Войно-Ясенецкому была присуждена Сталинская премия первой степени в размере 200 тыс руб, из которых 130 тыс он передал на помощь детским домам.

В 1955 году ослеп полностью, что вынудило его оставить хирургию. С 1957 года диктует мемуары. В постсоветское время вышла автобиографическая книга «Я полюбил страдание…».

Умер 11 июня 1961 года в воскресенье, в день Всех святых, в земле Российской просиявших.

Все дети профессора пошли по его стопам: Михаил и Валентин стали докторами медицинских наук; Алексей – доктором биологических наук; Елена – врачом-эпидемиологом. Внуки и правнуки тоже стали учёными.

Памятник в честь 125 лет со дня рождения этого знаменитого врача и священнослужителя, построенный на народные пожертвования, был открыт в Красноярске 15 ноября 2002 года. Монумент представляет собой бронзовую скульптуру, водруженную на гранитный постамент: монашеская мантия на плечах и фуфайка за спиной в кресле, мудрый, внимательный взгляд и сильные руки.

Именем Святителя Луки названы храмы в Симферополе, Ульяновске, Москве, Екатеринбурге, Керчи, в Красноярске.

Оказывается, почечные болезни можно диагностировать без анализов крови и мочи: достаточно просто посмотреть в лицо пациенту. Во всяком случае так можно распознать одну из почечных болезней – поликистоз почек. Исследователи из Королевского колледжа в Лондоне (Великобритания) пишут в Human Molecular Genetics, что им удалось определить характерные черты лица, сопровождающие именно этот недуг.

В том, что поликистоз почек связан с определённым типом внешности, нет ничего удивительного, так как болезнь имеет генетическое происхождение, а гены редко влияют на что-то одно. Мы привыкли считать генетические болезни чем-то редким, однако поликистоз таковым не назовёшь: каждый десятый пациент из тех, кому назначают диализ, вынужден проходить эту процедуру именно из-за поликистоза почек, и каждый восьмой из тех, что ждут очереди на трансплантацию почки, стоит в ней из-за этого же заболевания.

Причина поликистоза – мутации в двух родственных генах, PKD1 и PKD2. Работу этих мутаций можно изучать на мышах, так как у животных с повреждёнными генами PKD1 и PKD2 в почках происходят те же изменения, что и у человека. Наблюдая за мышиным поликистозом, исследователи из лаборатории Пола Шарпа обнаружили аномалии в развитии зубов и лицевого отдела черепа у животных с мутантным PKD2. Эти аномалии начинали развиваться сразу после рождения и были связаны, по-видимому, с тем, что PKD2 работает ещё и как механорецептор. Из-за отклонений в развитии черепа и зубов у мышей менялась, например, сила челюстей.