Гонсало Писарро в 1541–1542 годах возглавил экспедицию (320 испанцев и 4 тысячи индейцев-носильщиков) по чрезвычайно тяжелому маршруту из Кито через обширные леса на восточном склоне Анд и горы, заинтересовавшись, по его словам, сообщениями о том, что там растут коричные деревья, и в равной степени безосновательными, но более устойчивыми слухами об «Эльдорадо» – позолоченном короле. Его экспедиция, перевалив через Кордильеру, вышла к реке Напо и построила корабль из деревьев, поваленных на берегу, чтобы исследовать реку, послав на разведку 57 солдат во главе с Франсиско Орельяной (в конце декабря 1541 года). С горсточкой товарищей, не имея возможности вернуться по реке против течения, Орельяна проплыл в 1542 году вниз по реке Напо до реки Мараньон, главному истоку Амазонки, а затем, построив второй корабль, уже на двух бригантинах и по всей Амазонке до ее устья; все плавание по реке продолжалось 172 дня, восемь испанцев умерли от болезней и трое от ран; далее испанцы прошли вдоль северо-восточного берега Южной Америки до острова Маргарита. Гонсало Писарро, не дождавшись возвращения разведки, с оставшимися силами с трудом пешком по обратному пути добрался до Кито, – испанцы съели всех своих лошадей и собак, питались кореньями; вернулось в июне 1542 года только 80 истощенных, умирающих от лихорадки людей. Здесь он продиктовал секретарю свой отчет императору – шедевр умолчаний и краткости. Тем временем далеко на юг вслед за разведывательным походом Альмагро в Чили отправился Педро де Вальдивия, который в 1541 году основал там город Сантьяго. Завоевание Вальдивии было необычным в двух отношениях. В результате смерти Франсиско Писарро он лишился господина и стал одним из немногих губернаторов в Индиях, выбранных в Сантьяго, во многом точно так же, как Кортес был «выбран» в Веракрусе. Не найдя ни золота, ни развитой индейской культуры, Вальдивия основал скромную, но крепкую испанскую сельскохозяйственную общину в одной из самых красивых и плодородных долин в мире.

Инка Манко Капак-второй (Инка Манко Юпанки), находясь в своем горном изгнании, вполне мог размышлять об иронии судьбы, которая выпала завоевателям его народа: маленькие банды вооруженных мародеров искали друг друга и сражались насмерть среди огромных гор, пока империя, лежавшая у их ног, ожидала организующую руку. Волнения, которые приводили в беспорядок и отсрочивали заселение Перу испанцами, происходили почти полностью из-за ссор испанцев между собой. Что же касается власти инков, то завоевание их империи было завершено испанцами в 1535 году. Жизни одного поколения было достаточно для разгрома всех главных оседлых обществ Америк. Трагический и чрезвычайно быстрый успех этих испанских военных кампаний требует объяснения. Некоторые общества американских индейцев были по крайней мере знакомы с ведением организованной крупномасштабной войны. Некоторые из них – особенно ацтеки – сделали из нее культ. У них были особые вожди на время войны, кланы или ордена профессиональных воинов и хорошо отлаженная система территориального призыва на военную службу, благодаря которой большое количество вооруженных людей можно было собрать под командованием их местных вождей за сравнительно короткий срок. У них были службы бегунов, которые доставляли сообщения на большие расстояния, по крайней мере так же быстро, как в современной Европе. Их оружие было примитивным по европейским меркам, но тем не менее грозным. Мексиканский maquauhuitl – боевой топор, сделанный из обсидиановых лезвий, насаженных на крепкую каменную рукоятку, мог отрубить голову коню. Для метания снарядов индейцы использовали пращи, копьеметалки и в некоторых регионах – большие луки. Их доспехи, сделанные из стеганой хлопковой ткани, были легкими и эффективно защищали от стрел; некоторые испанцы в условиях тропической жары отказывались от своих доспехов, сделанных из стали и кожи, и носили вместо них местные доспехи. Тактические приемы индейцев были сравнительно простыми, а их привычка сражаться в густой толпе на открытой местности делала их уязвимыми для огнестрельного оружия. Но они учились быстро и иногда демонстрировали это, используя прикрытия, устраивая засады, придумывая военные хитрости и выбирая такую позицию на пересеченной местности, на которой испанская кавалерия не могла маневрировать.