Война, которая началась в 1541 году между сторонниками двух умерших военачальников, отличалась от предыдущих усобиц тем, что королевский губернатор, присланный из Испании, принимал в ней активное участие. Обладатель лицензии Вака де Кастро – председатель недавно образованной audiencia в Панаме, отправленный в Перу расследовать происходящие в стране беспорядки, имел приказ стать преемником Писарро в случае смерти маркиза. По прибытии в Перу он встал во главе группировки сторонников Писарро, превратив их тем самым в королевскую армию, воюющую с вооруженными мятежниками. Сторонники Альмагро были разгромлены, а многие активисты – казнены. Дальше было труднее. Кастро со всей ловкостью и терпением юриста отговорил Гонсало Писарро от заявления своих притязаний с мечом в руках на звание преемника власти своего брата. Однако мир был недолгим. В 1543–1545 годах правительство в Испании начало стремительное наступление на систему encomienda и отправило в Перу в качестве вице-короля невежественного солдафона Бласко Нуньеса де ла Вела с приказом конфисковать encomiendas. Настойчивые требования Нуньеса вопреки всяким доводам благоразумия немедленно привести в исполнение данные ему инструкции спровоцировали вооруженное восстание под руководством Гонсало Писарро и новую гражданскую войну, в которой Нуньес был убит в начале 1546 года. Гонсало Писарро стал на время реальным правителем Перу. По совету Карвахаля он мог бы даже создать независимое царство. Однако привычка быть верным короне была сильна. Гонсало попытался вести переговоры о признании королевской властью его полномочий, а последующее промедление дало возможность преемнику Нуньеса – священнику Педро де ла Гаска, который, находясь в Панаме, уже овладел ситуацией на море, высадиться в Перу, отделить от Гонсало многих завистников и в конечном счете собрать армию, которая его разгромила. Гонсало и его главные помощники были обезглавлены в 1548 году. Из пяти жестоких и неуправляемых братьев, завоевавших Перу, в живых остался только Эрнандо, направленный после разгрома Альмагро в Испанию, чтобы 20 лет томиться в испанской тюрьме[47].

Территория испанского владычества сильно расширилась во время гражданских войн. Белалькасар находился в Кито, который инки ранее хотели сделать вторым Куско. (В 1534 году Белалькасар по приказу Ф. Писарро с отрядом из 200 человек, включая 62 всадников, прошел около 600 километров по прямой до Кито, несколько раз пересекая тихоокеанско-атлантический водораздел, то поднимаясь на перевалы, то спускаясь в ущелья. Помимо многих мелких стычек, испанцы вышли победителями в двух битвах с 15-тысячной и 50-тысячной армиями индейцев и взяли Кито.) Теперь вместе со своими сторонниками он отправился дальше на север через покрытый лесами край, в котором жили первобытные индейские племена, к городу Попаян (захватив его в 1537 году). Оттуда он предпринял смелую экспедицию через горы Восточной Кордильеры. Наконец, он прорвался через окружающий бастион гор в густонаселенные саванны Боготы, где в городах оседло жил народ чибча. Однако в открытии его опередил Гонсало Хименес де Кесада, который, отправившись в поход из Санта-Марты на карибском побережье, проложил себе дорогу через долину реки Магдалена с крутыми склонами и достиг Боготы с севера. В этом случае два военачальника, обладающие приблизительно равными по силам отрядами, разумно договорились предоставить раздел территорий правительству в Испании. Белалькасар был утвержден как губернатор Попаяна; Санта-Фе-де-Богота в конечном счете стала столицей возникшего позже, в XVIII веке, испанского вице-королевства Новая Гранада.