В центральном регионе майя IX век стал свидетелем не только конца культа стел, но и полного прекращения строительной деятельности в церемониальных центрах. Один за другим люди покидали города-храмы, которые подвергались разрушению, и по крайней мере в некоторых случаях это происходило внезапно, так как постройки оставались незаконченными. Причин этого было выдвинуто множество. Истощение почвы не вызвало бы внезапного ухода населения, а эпидемия какой-нибудь болезни могла бы сделать это. Но главные смертельные болезни этого региона – желтая лихорадка, оспа, анкилостома, малярия – были привезены сюда из Старого Света, и нет никаких доказательств того, что сельская местность обезлюдела. Петен, безусловно, был густонаселен, когда туда прибыли испанцы. Нет также никаких доказательств чужеземного вторжения и разрушений, связанных с войной. Самое правдоподобное объяснение: возможно, это была крестьянская революция, распространившаяся от города к городу. Возможно, бремя строительства храмов и содержания жреческой касты стало невыносимым. Возможно, из-за того, что жрецы посвящали себя изучению астрономии и небесным богам, пренебрегали домашними богами земли, дождя и плодородия, они утратили доверие работающего крестьянства. Какой бы ни была причина, города майя, расположенные на низменности Гватемалы, были поглощены лесами и больше так и не возродились.

Города на полуострове Юкатан сохранились, чтобы встретить другую судьбу: проникновение чужеземцев и в конечном счете завоевание. Майя так и не образовали никакого крупного политического объединения. Их города значительно отличались по языку или диалекту и архитектурному стилю и с политической точки зрения были независимы друг от друга. И хотя по характеру майя были и остаются людьми мягкими и, как правило, мирными, их города иногда вели войны. Клан Ица́, который к концу X века владел юкатанским городом Чичен-Ица, возможно, появился в регионе проживания майя в качестве наемников. Безусловно, его члены были лучше вооружены и организованы для ведения войны, чем любая другая группа майя. Они имели мексиканские корни; их предания и сходные черты в искусстве и обычаях связывают их с тольтекским центром Тула, расположенным на Мексиканском нагорье. Они ввели новых богов – бога солнца, бога войны и (он самый известный благодаря своему влиянию на воображение испанцев) бога по имени Кетцалькоатль или Кукулькан – «пернатый змей» – бог учения и наук, покровитель жречества, даровавший людям кукурузу. Мексиканцы верили, что этих богов следует постоянно питать кровью, предпочтительно человеческой. Например, бог солнца каждую ночь проходил по подземному миру и появлялся каждое утро уставшим и жаждал крови. Тольтеки, да и на самом деле большинство народов Мексики практиковали человеческие жертвоприношения с размахом гораздо большим, чем это было принято у майя. И такая практика, в свою очередь, усилила интерес мексиканцев к войне как средству добычи пленных для принесения в жертву. Тольтеки были великими строителями; и клан Ица́ в Чичен-Ице и других местах ввел новые строительные стили, добавив к ступенчатому своду майя более просторные, но менее долговечные постройки, у которых крыши покоились на колоннах и деревянных балках. В скульптуре им не хватало изобретательности и безмятежности майя. Однообразное повторение пернатых змеев является характерной чертой их декоративных стилей.

Клан Ица́ был немногочисленным. За пределами окрестностей города Чичен-Ица́ его влияние было сначала косвенным, и даже там они переняли многие обычаи и приспособления майя. Но в XIII веке к ним прибыло подкрепление в виде других более многочисленных групп мексиканцев, которым после долгих междоусобных войн удалось создать союз городов, в котором Чичен-Ица́ и Майяпан (Маяпан) были главными. Этот союз контролировал весь север Юкатана и мог быть с небольшой натяжкой назван «империей». Упадок искусства и архитектуры, особенно религиозной, явно виден в Майяпане (Маяпане), который был не церемониальным центром, а укрепленным городом, построенным для проживания в нем народа воинов, которые жили за счет труда завоеванных народов-данников. Военное владычество Майяпана (Маяпана) длилось до XV века. Однако его мексиканские правители постепенно растворялись в более многочисленном народе майя и утратили не только свою идентичность, но и способность править. В XV веке их империя развалилась на воюющие осколки. Последние сто лет перед прибытием испанцев на Юкатан были периодом беспорядка и нарастающего одичания.