Важно заметить, что В. Д. Зёрнов никогда и ни при каких обстоятельствах не скрывал своего положительного отношения к вере и религии. Не отказался он от своих убеждений и после ареста. На допросе 31 марта 1921 года Владимир Дмитриевич открыто заявил следователю: «Религию препятствием к осуществлению коммунизма не считаю, в том лишь случае, если её понимать правильно, т. е. как усовершенствование личности. Религия связывает нравственность человека, а потому наука без религии будет однообразна и поведёт к падению нравственного облика человечества. Утверждаю, что мои лекции контрреволюционного характера не имели»{34}.

Неизвестно, чем закончилось бы для учёного и его товарищей по несчастью сидение в губернской тюрьме, если бы в Саратов для выяснения причин массовых арестов не прибыла из Москвы специальная комиссия во главе с П. Г. Смидовичем. Она, прежде всего, потребовала, чтобы местные органы либо предъявили арестованным конкретные обвинения, либо немедленно освободили их. Однако «саратовские власти, которые этот массовый арест осуществили», отреагировали на ультиматум весьма своеобразно. Без тени смущения они заявили, что «обвинений, достаточно обоснованных для возбуждения судебного дела, предъявить не могут, но и освобождать массу людей также не решаются, это-де произведёт „сенсацию“»{35}. Тогда председатель комиссии, властью данных ему полномочий, самолично распорядился часть узников освободить непосредственно в Саратове, других же, для определения их дальнейшей участи, препроводить в Москву в распоряжение ВЧК. В числе последних оказался и В. Д. Зёрнов.

В Бутырской тюрьме, куда доставили саратовских пленников, Владимир Дмитриевич сблизился и подружился со многими известными и прославленными в прошлом военачальниками и государственными деятелями. Судьба свела его с военным историком, генералом от инфантерии Андреем Медардовичем Зайончковским – «…любопытным осколком старого, навсегда ушедшего в вечность веков мира». По меткому определению С. Н. Чернова, это был «в меру умный и более чем умный, хитрый и лукавый человек, обезоруживавший светской готовностью врага, подчиняющий его себе своей любезностью царедворца, в которую очень тонко вплетались подкупающие нотки нарочитой грубости старого солдата – будто бы искренней и простой»{36}.

В камере Бутырской тюрьмы также находились: бывший помощник начальника штаба верховного главнокомандующего царской и член Особого совещания при Главкоме Красной армий, генерал от инфантерии Владимир Наполеонович Клембовский; бывший московский генерал-губернатор, товарищ министра внутренних дел и шеф Отдельного корпуса жандармов, генерал-лейтенант Владимир Фёдорович Джунковский, которого вся тогдашняя тюремная «прислуга […] помнила ещё своим начальником»{37}; поэт, журналист и литературный критик, князь Дмитрий Петрович Святополк-Мирский и многие другие.

Соседствуя с этими неординарными личностями, получая от общения с ними, насколько это было возможно в неволе, духовное и нравственное наслаждение, а также участвуя в совместно устраиваемых мероприятиях, В. Д. Зёрнов по-прежнему с неуёмным беспокойством думал о своих близких – жене и малолетних детях. Но прошёл ещё один томительный месяц тюремного заточения, прежде чем стараниями саратовских коллег и представителей московской научной элиты Владимир Дмитриевич, наконец, оказался на свободе. Но вернуться в Саратов ему не разрешили. Причина такого решения до сих пор остаётся загадкой. Нет чёткого разъяснения тому и в выданной Управлением КГБ СССР по Саратовской области справке: «В соответствии с постановлением Президиума ВЧК от 11.05.21 г. Зёрнов В. Д. из-под ареста освобождён без права проживания в Саратовской губернии и оставлением на жительство в г. Москве. Какие-либо обоснования данного постановления в материалах дела отсутствуют»