Самостоятельная деятельность Беннигсена началась только в 1794 г. во время военных действий против поляков, приведших к 3-му разделу Польши. На его долю выпала борьба против них в Литве, где в ряде сражений под Зельвой, Олитой и Вильной он одержал блестящие победы, по представлению Суворова был произведен в генерал-майоры и награжден новым тогда орденом Георгия 3-й степени. Сверх того он получил 2.000 душ из конфискованных тогда владений Виленского епископа. Во время этой войны ему пришлось сражаться совместно с Валерианом Зубовым, братом фаворита и мужем «Суворочки», а после нее он оказался в подчинении у Палена: таким образом уже тогда оказались соединенными на полях сражения трое из четырех главных деятелей заговора против Павла I. В 1794-1795 гг. Беннигсен охранял новую границу с Пруссией со стороны, с которой в Петербурге опасались нападения немцев, впрочем, судя по донесениям Беннигсена, без оснований, что и подтвердилось.
В Персидском походе 1796 г. Беннигсен был одним из подчиненных В. Зубова, командуя кавалерийской бригадой. В военном отношении этот поход интереса не представляет. Довольно быстро войска Зубова дошли до Персидского Азербайджана, но здесь застряли из-за отсутствия продовольствия и фуража, а также воды. Развились болезни, лошади стали падать, и, вероятно, отряду пришлось бы вернуться, даже если бы не пришло распоряжение об отходе в пределы России от нового императора Павла I.
Первоначально отношение этого последнего к Беннигсену было благоприятным. Он был произведен в генерал-лейтенанты и получил благодарность за блестящий смотр подчиненных ему частей, но уже в 1798 г. был отставлен от службы и выслан в свои поместья. По-видимому, причиной этого были его добрые отношения с Зубовыми, ибо, когда вскоре после этого генерал Ласси формировал корпус, который Суворов повел в Италию, и наметил Беннигсена для командования в нем одной из дивизий, то получил за это строгий выговор от Павла со ссылкой в этот раз именно на связи с Зубовыми.
История заговора 11 марта 1801 г., казалось бы, достаточно известна, и как раз одна из немногих сохранившихся частей записок Беннигсена говорит об этом событии, однако, кое-что остается в ней недоговоренным. Например, известно, что группа заговорщиков под командой Палена значительно запоздала на пути с Миллионной до Инженерного Замка, что по семейным рассказам объясняется тем, что Пален якобы продолжал играть свою двойственную роль и рассчитывал в случае неудачи группы Беннигсена явиться спасителем Павла. Можно ли, однако, доверяться таким рассказам? Мне пришлось, например, слышать еще от отца, что после убийства Павла Беннигсен пошел предупредить о нем императрицу Марию Федоровну, которая пожелала пойти сразу к телу мужа. Опасаясь, что она сможет поднять против заговорщиков караул (у солдат отнюдь не было против Павла того озлобления, которое существовало у офицеров), Беннигсен не пустил ее туда, на что она ему сказала: «Je ne vous l’oublierai jamais»[1]. Этим мелким событием в семье объясняли позднейшее враждебное отношение государыни к Беннигсену, которое она передала и сыну Николаю. Однако, в 1807 г., когда после Эйлау шли разговоры о смене Беннигсена, в числе его защитников едва ли не первой явилась Мария Федоровна. Пример того, что семейные предания не всегда отвечают действительности.
На войну 1806 г. Беннигсен пошел корпусным командиром, и стал главнокомандующим в декабре, когда выяснилось, что Каменский окончательно впал в детство. Положение армии было очень тяжелым: бросая армию, Каменский не оставил заместителя, отдав лишь приказание корпусам отступать в пределы империи. При отходе армия потеряла в грязи немало обозов и орудий и, главное, у нее не было продовольствия. Вся война прошла на прусской территории и, согласно договору с пруссаками, продовольствие должно было быть заготовлено ими. Это, однако, выполнено не было, и Беннигсену пришлось в первую очередь заняться добыванием не только продовольствия, но и фуража. В этом ему помог его тесть Андржейкович, председатель Виленской палаты гражданского суда, а поставщиками явились местные евреи, которые вообще в то время сосредоточивали в своих руках в этой местности все торговые операции. Несмотря на все затруднения, уже в середине марта снабжение армии было налажено, но именно к этому периоду относится обвинение прапрадеда в нечестности. Единственное, однако, указание на это я нашел в письме князя Куракина Марии Федоровне, и потому меня удивила фраза профессора Тарле о Беннигсене, как об «известном взяточнике».