Хара-Хула, принявший титул хунтайджи («великий вождь») до 1619 г. не вступал в контакты с русскими властями. Постепенно подчинив ойратские племена, он возглавил их борьбу против государства Алтын-ханов. Стремясь обезопасить свои тылы, Хара-Хула отправил посольство в Москву и попросился в русское подданство. В результате Михаил Федорович отказался участвовать в совместном походе с Алтын-ханом против Хара-Хулы и вручил послам последнего грамоту о принятии ойратов в русское подданство. После этого началась война между ойратами и Алтын-ханом, в которой Хара-Хула потерпел поражение.

В первой четверти XVII в. ойраты мигрировали на юг, в пределы Алтайского края. Умер Хара-Хула около 1635 г.

Экспансия Джунгарского ханства и его разгром

Усиливавшаяся Джунгария столкнулась с Казахским ханством. Начались взаимные набеги. В 1635 г. казахи потерпели поражение и в плен к джунгарам попал султан Жангир, сын хана Ишима (Есима). После заключения договора о мире с джунгарами он был отпущен из плена, однако по возвращению в свои кочевья продолжил беспокоить пограничные улусы Джунгарского ханства.

В 1638 г. в Джунгарию вторгся бухарский полководец Абдушукур с 38-тыс. узбекским войском. Хошоутский нойон Галдама вышел ему навстречу с 3000 воинов и разбил наголову.

В 1640 г. первый джунгарский хан (1634—1653) Батур-хунтайджи (Эрдэни-Батур) (? -1653), представитель рода чорос, провел общемонгольский съезд, участие в котором приняли участие представители всех ойратских и халха-монгольских ханских и княжеских родов, от междуречья Яика и Волги до Западной Монголии и Джунгарии. На съезде было принято Степное Уложение, установившее единые законы для всех ойратских владений и определившее буддизм школы гелуг в качестве единой религии.

Влияние Батур-хунтайджи распространялось не только на собственно Джунгарию (Западную Монголию) и долину верхнего течения р. Или, но и на Хакасию, три казахских жуза (Южный и Западный Казахстан), Восточный Туркестан, Среднюю Азию, Монголию, Калмыцкое ханство (Южная Сибирь, Северный Казахстан, Юг современной России, Северный Кавказ) и Кукунорское (Хошутское) ханство (Тибет, Северный Китай и Северная Индия).

В 1643 г. казахи во главе с Жангир-ханом и Жалантос-батыром одержали победу над армией Эрдэни-Батура в Орбулакской битве. Первоначально джунгарам в одном из ущелий у реки Орбулак противостоял Жангир-хан с отрядом из 600 воинов, вооруженных ружьями. Затем на помощь Жангиру пришли 2 тыс. кыргызов и 20-тыс. войско бухарского эмира Жалантоса.

В 1652г. казахи потерпели поражение и были вынуждены покинуть предгорья Алатау, занятые джунгарскими кочевьями.

В 1667 г. джунгары ликвидировали государство Алтан-ханов.

После смерти Батур-хунтайджи между его наследниками шла борьба за власть. В 1678 г. хан Галдан-Бошокту (детство и юность провел в Тибете, где был пострижен в монахи. Став ханом, он, следуя монашескому обету, брил голову), упрочив свою власть над ойратскими владениями, начал завоевательные походы в Казахстан, Среднюю Азию и Восточный Туркестан. Сын Жангир-хана – Тауке-хан (1680—1715) – не смог остановить джунгаров и в 1681 г. войска Галдана перешли реку Шу. В результате походов 1683—1684 гг. был взят и разрушен г. Сайрам. В 1683 г. джунгарская армия под командованием Цэван-Рабдана дошла до Ташкента и Сырдарьи, разбив два казахских войска. В 1690г. желая присоединить к Джунгарии Восточную Монголию Галдан-хан вступил в военное столкновение с цинским Китаем. В 1696г. он потерпел поражение на Тэрэлже, что в значительной степени было обусловлено выступлением против Галдана его племянника Цэван-Рабдана, ставшего новым правителем ханства (1697—1727). В 1698 г. войска Цэван-Рабдана, в очередной раз разгромили казахов и совершили поход до Тенгиза и Туркестана.