В монгольской империи чингисидов, ойраты, находясь на ее периферии, пользовались относительной самостоятельностью, имели своих наследственных правителей и со временем, в силу некоторой территориальной, административной и экономической обособленности, стали отличаться от остальных монголов.

После изгнания монгольских императоров династии Юань из Пекина (1368г.) ойратские нойоны стали проводить самостоятельную внутреннюю и внешнюю политику, не считаясь с общемонгольскими правителями, прямыми потомками Чингисхана. Они распространили свою власть на соседние территории, где жили лесные народы: хойты, баргуты, бурааты (не путать с современными бурятами) и др., а также на отдельные группы восточных монголов и китайцев, бежавших в Монголию вместе с юаньским императором. В результате, древние ойраты смешались с другими «лесными народами», а затем с восточными монголами.

После образования Союза дурбэн-ойратов входившие в него разные родоплеменные подразделения, сохранив собственные первоначальные названия, стали выступать в сношениях с внешним миром под общим названием «дөрбөн-ойирад» (буквально «четыре ойрата»), а восточные монголы называли их «дөрбөн хари улус» (возможное объяснение: Хари улус – «чуждые, отошедшие от монголов»).

В XV в. ойратов объединили под своей властью правители из знатного ойратского рода Чорос – Батула чинсан (Махаму, Махмуд) (? -1416), его сын Тогон (? -1439) и внук Эсен (1407—1454), который на короткое время смог объединить под своей властью всю Монголию. В одном из сражений с войсками минского Китая в 1449г. в плен к Эсену попал император Чжу Цичжэнь.

После смерти Эсена ойраты на полтора столетия потеряли политическое влияние и авторитет в Центральной Азии.

В 1587 г. объединенному ойратскому войску, в состав которого входили 6 тыс. чоросов, удалось разгромить в верховьях Иртыша халхасцев (восточных монголов) Алтын-хана. Эта победа положила начало военно-политическому усилению ойратов, важную роль у которых стал играть правитель чоросов Гумэчи, носивший титул Хара-Хула-тайджи (в русских документах «Каракула», «Каракула-тайша»). Впервые Хара-Хула упоминается в связи с событиями 1587г.

В самом конце XVI в. ойраты уничтожили остатки войск бежавшего от русских сибирского хана Кучума. Гибель Сибирского ханства позволила западным монголам продвинуть свои кочевья на север до верховий рек Ишим и Омь. По данным сибирских летописей, на рубеже XVI и XVII вв. ойратские владения простирались до района современного города Омска. Помимо Западной Монголии кочевья ойратов охватывали в начале XVII в. обширные пространства на левобережье Иртыша, «занимая в среднем течении Иртыша степи его правого и левого берегов» примерно до широты современного Новосибирска.

В начале XVII в. ойраты начали активно вмешиваться в дела Средней Азии. Бухарский хан начал военные действия против ойратов и казахов, стремясь вернуть Ташкент, захваченный казахами в 1598 г. В ташкентской битве 1613 г. бухарцы разгромили ойратов и казахов, тем самым остановив продвижение ойратов в Среднюю Азию на 30 лет.

В XVII в. ойраты вели войну с государством Алтын-ханов (Монгольским ханством), которое располагалось на территории современной Монгольской Республики, в северо-западном углу Халхи, между озерами Убса-Нур и Хубсугул и на западе граничило с землями ойратов. В конце ХVI-начале XVII вв. Алтын-ханам удалось подчинить ряд мелких племенных групп и народностей Южной Сибири, обитавших близ северных границ их владений. В результате Алтын-ханы стали соседствовать с Русским государством и вступили с ним в разносторонние отношения. В 1617г. царь Михаил Федорович «жалованной грамотой» известил Алтын-хана о принятии его в русское подданство.