Через несколько месяцев родился ребенок. С самого начала люди замечали за ним разные странности. Возможно, дело было в том, что, будучи еще младенцем, он имел обыкновение смотреть людям прямо в глаза, будто он прекрасно знал и человека, стоявшего перед ним, и себя самого. Мнесарх назвал сына в честь провидицы, предсказавшей его судьбу. Он назвал его Пифагором. Позднее мальчик расскажет, что когдато его звали Эфалид, что служил он Гермесу и что он прекрасно помнит все, чему научился в предыдущих жизнях.
Мнесарх вернулся с семьей на свою родину, остров Самос, расположенный на востоке Эгейского моря. Торговец не забыл слова пифии и на образование сына средств не жалел. Пифагор учился у выдающегося натурфилософа Анаксимандра и у самого Фалеса Милетского, которого мы по сей день знаем как «отца всех наук». На Фалеса гениальные способности юного ученика произвели столь сильное впечатление, что он начал настаивать: «Ты должен отправиться в Египет, учиться у тех, кто учил меня. Если ты пройдешь обучение у жрецов Мемфиса, ты станешь мудрейшим человеком в Греции».
От Фалеса Пифагор узнал, как именно произвести впечатление на египетских гуру. Он стал вегетарианцем, отказался от алкоголя (и всю оставшуюся жизнь не пил ничего, кроме воды), значительно ограничил время сна. В Египет Пифагор решил отправиться через Сирию, где он жил в детстве, дабы получить инициацию у финикийских учителей. Лишь затем он собирался встретиться с египетскими жрецами, которые, по преданиям, и обучали когда-то финикийских иерофантов.
В Сирии учителя послали Пифагора на гору Кармель, где тот и провел несколько месяцев в одиночестве, предаваясь медитации. Гора Кармель, изрытая многочисленными пещерами, служила местом для уединения и духовных практик на протяжении многих сотен лет. Представители гностического учения мандеи утверждали, что великие мудрецы, принадлежащие к семитской традиции, слетаются в своих тонких телах на гору Кармель для регулярных встреч.
Из Финикии Пифагор, как и планировал, отправился в Египет, где обучался двадцать два года. Ямвлих, сирийский философ III века н. э., пишет:
Пифагор посетил крупнейшие храмы Египта и, где бы он ни появлялся, своим прилежанием и желанием войти в мельчайшие подробности египетских культов и философии везде вызывал уважение и восхищение жрецов. Он не пропустил ни одного мудреца, не пренебрег ни единой школой. Если Пифагор считал, что может чему-то у кого-то научиться, он немедленно отправлялся искать этого человека. Двадцать два года он изучал астрономию и астрологию, геометрию и духовные таинства.
После Египта Пифагор отправился в Вавилон. У здешних магов он обучился музыке, математике и иным халдейским наукам. Если верить работам раннего христианского апологета Климента Александрийского, Пифагор также обучался у индийских брахманов. Маловероятно, чтобы он лично добрался до Индии, но, возможно, он общался с индуистскими учителями, которые, как это достоверно известно, жили в Вавилоне. Проведя в Персии еще двенадцать лет, Пифагор, которому на тот момент исполнилось пятьдесят шесть лет, вернулся в Грецию, чтобы разделить с соотечественниками драгоценные знания, полученные во время паломничества.
Сначала Пифагор пытался основать собственный ашрам на острове Самос, где он смог бы передать послушникам учения Египта и Востока. Прибыв на остров, он встретил рыбаков с сетями, полными рыбы, и спросил их: «Если я сейчас скажу, сколько рыб поймали ваши сети, будете ли вы и дальше слушать меня во всем?» Знать это ему было неоткуда, и поэтому рыбаки со смехом согласились. Но потом они сосчитали рыб, и выяснилось, что странный чужестранец был прав. Когда подсчет был окончен, Пифагор попросил их выбросить рыб обратно в море, куда те, конечно, были счастливы вернуться после столь неприятного приключения. Рыбакам ничего не оставалось, как послушаться. Когда все рыбы были отпущены, Пифагор заплатил рыбакам ровно столько, сколько они потеряли, отпустив свой улов, и отправился дальше. Остров был небольшой, весть о странном чужаке быстро разнеслась среди его жителей.