Не имея наследников мужского пола, господарь Стефан III в 1472 году женился в третий раз на гречанке Марии из Мангупа (умерла 19.12.1477), происходившей из Крыма. Их брак был недолгим. Мария Мангупская умерла в 1477 году, родив двух сыновей, умерших в детстве.

Известно, что овдовев, Стефан III в 1478 году взял в жёны Марию Бассараб (умерла 1511), дочь Валашского господаря Раду III Красивого и Марии Деспины. Получается, что Елена росла под присмотром двух мачех, так что рассчитывать на большую материнскую любовь и заботу не могла.

Начавшиеся родственные связи Мушатинов с Русью, браком Елены Волошанки и Ивана Молодого, хотя и не были особенно приоритетными, но продолжились и в последующие годы. Праправнук Стефана III Великого – господарь Богдан IV Лапуштяну, лишённый престола турками в феврале 1572 года нашёл убежище в Москве. Он был с почётом принят при царском дворе и наделён Лухским уделом. Богдан IV умер в Москве, завещав Молдавский престол русскому царю Ивану IV Грозному. Его двоюродный брат Иоанн III Лютый (умер 14.06.1574), прежде чем занять Молдавский престол в 1572 году, шесть лет жил в России. В Москве он женился на русской княжне Марии Семёновны Ростовской.

Наследственные права Мушатинов, ослабивших свою власть в результате кровавых междоусобиц, на престол в Молдавии были нарушены в конце XVI века. С этого времени всё чаще власть, с санкции турок, оказывается у временщиков. Последним Мушатином на Молдавском троне был Илиас Александру (умер 1675), правивший в 1666 – 1668 годах. Он уступил престол очередному турецкому ставленнику Георгию Дуки и поселился в Константинополь.

Стефан III заняв Молдавский престол, получил ослабленное и экономически разорённое государство. Молдавия была крохотной страной в окружении могущественных соседей. На севере Молдавия граничила с Польским королевством, на Западе с Венгрией. Венгерские короли постоянно пытались установить свой контроль над Молдавией, поэтому господари искали помощи у поляков, номинально признав над собой власть польской короны. Но самым опасным было южное направление. Молдавии постоянно угрожали крымские татары и турки.

Турки ещё в 1396 году завоевали Болгарию, в 1459 году окончательно подчинили Сербию, в 1453 году заняли столицу Византийской империи город Константинополь. Таким образом, Турция вплотную придвинулась к молдавской границе. Турецкий султан подчинил Валахию, небольшое княжество, граничившее с Молдавией, добившееся независимости с первой половине XIV века, выйдя из-под контроля Венгрии. Турки обрушились на Валахию. Валашский господарь Мирча Старый (1386 – 1418), мужественно отразил турецкое вторжение, но после, оказавшись без поддержки европейских монархов, в 1415 году вынужден был признать себя данником турецкого султана.

Расправившись с Валахией, турки перенесли свою агрессию на Молдавию. Ещё в 1420 году произошло первое турецко-молдавское боевое столкновение. Со временем турецкая опасность только увеличивалась. Поэтому, перед лицом столь грозного противника, Молдавия должна была объединиться под властью одного правителя.

Нужно отметить, что маленькой Молдавии повезло. Стефан III оказался хорошим правителем, выдающимся государственным деятелем и удачливым полководцем. Ему удалось подчинить своевольных бояр и мобилизовать все силы страны. Стефан III, справедливо заслуживший в народе прозвище «Великого» вёл постоянные войны, громя своих врагов. Кстати Стефан Великий, единственный из всех молдавских правителей, в летописях удостоился царского титула.

Известный молдавский летописец боярин Григорий Урек (умер 1647), автор «Летописи земли Молдавской» дал весьма противоречивую характеристику господарю Стефану III. Называя господаря «Добрым», «Святым», «Великим», летописец в тоже время утверждает, что господарь «был гневным», «не раздумывая проливал невинную кровь».