Второй раз я видел Сталина в 1946 г., – продолжал Гафуров, – когда меня назначали Первым секретарем ЦК КП Таджикистана. Меня вызвали в кабинет, где заседало Политбюро. Сталин расхаживал по комнате и курил трубку. Кто-то стал докладывать мои данные и характеристики. Внезапно докладчик замолчал, потому что Сталин остановился и вынул трубку изо рта. “Подождите, – сказал он, пристально меня разглядывая, – это тот самый Гафуров, который товарища Сталина не испугался?” – спросил он. Я кивнул головой. “Если он такой храбрый и настойчивый, то есть предложение – утвердить”».

Да, именно Сталин поручает своему самому верному служителю, секретарю ЦК КПСС Емельяну Ярославскому, бывшему организатором беспощадной широкомасштабной атеистической кампании, сменить политического лидера в Таджикистане на местного таджика и предлагает выдвинуть кандидатуру лояльного партии человека с высокими академическими, культурными и лидерскими качествами. Этот человек должен объединить таджикский народ и защищать его интересы. В то время единственным человеком, который смог бы выполнить это требование, был Бободжон Гафуров, второй секретарь ЦК КП Таджикистана. И он избирается единогласно первым секретарем ЦК КП Таджикистана.

Из официального документа ЦК КПСС, 10 апреля 1946 г.:

«Первым секретарем ЦК КП(б) Таджикистана утвержден Б. Гафуров (ранее – второй секретарь ЦК КП(б) Таджикистана); освобожден Д.З. Протопопов с отзывом «в распоряжение ЦК ВКП(б)» (пр. 50, п. 93)».

Теперь борьба становится все более напряженной и переходит на новый уровень.

Обращение Гафурова к славному пути таджикского народа является не только ответом на злобу дня и руководством к мужеству, но становится и поворотным моментом в историографии таджикского народа. В сотрудничестве с Н. Прохоровым Гафуров завершает свою знаменательную работу «Таджикский народ в борьбе за свободу и национальную независимость своей родины». В 1944 году эта монография будет представлена на рассмотрение в Институте истории АН СССР. Русскоязычный историк, живущий в Узбекистане, профессор Сергей Толстов считает утверждение авторов, что таджики являются древнейшими коренными жителями Средней Азии, неправильным и выступает против издания этой книги.

О том, что произошло на том совещании, и о позиции Толстова мы узнаем из докладной записки Бободжона Гафурова в ЦК ВКП(б):

«На совещании при Институте истории АН СССР 9 декабря 1944 года при обсуждении книги “Таджикский народ в борьбе за свободу и независимость своей родины” выясняется, что некоторые историки Узбекистана, и прежде всего профессор Толстов С. П., придерживаются по этому поводу точки зрения, находящейся в моральных противоречиях с высказываниями товарища Сталина. Толстов предъявляет авторам обвинение в том, что они рассматривают иранское культурно-историческое прошлое на территории Средней Азии как прошлое таджикского народа. В то время как оно в одинаковой мере является прошлым любого из тюркских народов, населяющих Среднюю Азию в настоящее время, и прежде всего узбекского народа, который занимает ныне земли Древней Согдианы и якобы ассимилировал согдийское население последней. На этом основании профессор Толстов требовал, чтобы историки Таджикистана акцентировали своё внимание не на истории Согда, а на истории Бактрии. И вообще предлагал начать работу по истории таджиков и Таджикистана с предисловия, в котором должно быть с нашей стороны выражено признание, что иранское историческое прошлое Средней Азии в одинаковой мере принадлежит всем тюркоязычным народам Средней Азии, а не только таджикам. В своих тезисах (доклад на сессии Комиссии по этногенезу и этнографии ОИФ АН СССР, 1942 г.) Толстов утверждает: «При наличии очень давно сложившихся историко-территориальных общностей, на базе которых из разнородных аборигенных и прошлых этнических элементов шел процесс консолидации современных среднеазиатских народов, ни один из этих народов не восходит непосредственно к какой бы то ни было из этих этнических групп древности. Наоборот, как правило, древние, как местные, так и пришлые народы в различных пропорциях входят в состав нескольких, а иногда и всех народов Средней Азии. Так согдийцы вошли в состав узбеков, туркмен, частично таджиков, частично каракалпаков».