Гражданская история имела твердое место вспомогательной науки для церковной истории, однако указание Устава 1809–1814 гг. о преподавании философии истории не исполнялось. Приходилось вновь проходить фактическую канву, готовя академических питомцев к преподаванию в семинарии. Это породило новую проблему, ставшую для академий хронической: невозможность изучить в едином курсе истории все события вела к расширению курсов или фрагментарному изложению наиболее сложных эпизодов.

Отношение к языкам – как древним, так и новым, – на протяжении всего периода действия Устава 1809–1814 гг. неоднократно менялось. Древние языки входили в комплекс наук, составляющих духовную «ученость», новые были лишь орудием для познания современной западной литературы. Разделение 1810 г. оставило в числе общеобязательных предметов лишь греческий язык; еврейский, французский и немецкий языки были сделаны альтернативными[181]. В 1840 г. Комитет по пересмотру конспектов, переработав академические программы, провел ряд изменений и в «языковой» области[182]. В дальнейшем отношение к древним языкам в академиях определялось двумя тенденциями: «классическая», настаивающая на максимальном увеличении часов на древние языки и изучении их словесности, и противоположная, ратующая за сокращение изучения древних языков в академиях, за счет повышения требований к поступающим семинаристам. Но традиционное доверие к духовным академиям, как переводческим центрам, и регулярные поручения от Синода по переводу деловых бумаг и конфиденциальных записок с греческого и латинского языков давали некоторое преобладание первой тенденции[183].

Таким образом, с небогословскими предметами в духовных академиях были связаны две существенные проблемы: их положение и значение в составе высшего духовного образования и содержание и методика их преподавания. Стремление преподавателей небогословских предметов разрабатывать полноценные лекционные курсы, при отсутствии четких указаний о специфике постановки этих предметов в высшей богословской школе, приводило к равноценности богословских и небогословских наук, что не могло не ставить вопроса о специальности высшей богословской школы[184].

Новой проблемой стало для духовных академий введение в учебные планы предметов практического богословия и миссионерских предметов. Очерчивая в 1814 г. «древо» богословских наук, святитель Филарет обратил особое внимание на богословие деятельное (Practica), имея в виду практическое применение христианских догматов в жизни человека, а не практическую деятельность. Будущее пастырское служение выпускников и педагогическая задача академий делали необходимым присутствие в курсах академического богословия предметов, связанных с пастырством – гомилетики, литургики и др., – но постановка их не имела принципиального отличия от семинарской.

В «реалистические» 1840-50-е гг. встал с особой остротой вопрос о «практических» задачах академий: должно ли богословское академическое знание иметь прикладное значение, отвечая насущным проблемам церковной жизни? Вопрос был поставлен не графом Пратасовым, увлеченным идеей придания духовному образованию реальности, но ученым епископатом. Главным инициатором введения в академические учебные планы миссионерских предметов стал архиепископ Казанский Григорий (Постников), магистр первого курса преобразованной СПбДА.

Мысль о миссионерской деятельности выпускников духовных школ была не нова: это осуществлялось на практике, составлялись и особые проекты, правда, не всегда лицами достаточно сведущими. Один из таких проектов, принадлежащий члену Совета Министерства внутренних дел Ф.Л. Переверзеву, предлагал использовать «избыток» выпускников семинарий и академий в качестве «духовных миссионеров», «для распространения Евангелия между иноверцами»