С 1830-х гг. началось усиление интереса к церковно-исторической науке. Общий настрой «историзма», особый интерес к свидетельствам Священного Предания, а также влияние немецкой исторической науки побудили к историческому рассмотрению разных сторон церковной жизни. Развитие церковно-исторической науки имело практические причины: насущные церковные проблемы и накопление исторических источников, попадавших в академии[165]. Возрастание интереса к истории отечественной Церкви привело к учреждению в 1841 г. в КДА особой кафедры русской истории, в 1844 г. это распространилось на все академии[166]. В свою очередь, с русской церковной историей сближалось учение о расколе и русских вероисповедных ересях, входящее в обличительное богословие[167]. Научную специализацию этот предмет получил лишь в начале 1850-х гг., в связи с введением в программы академий миссионерских наук.

В результате этих изменений в КазДА с 1845 по 1854 г. из богословских наук отдельными предметами читались: 1) Священное Писание и герменевтика – в обоих отделениях; в высшем: 2) догматическое богословие, вместе с основным и сравнительным, 3) нравственное богословие, 4) церковное красноречие, 5) пастырское богословие, 6) церковная археология, 7) каноническое право, 8) патрология, 9) библейская и общая церковная история, 10) русская церковная история[168]. В МДА к началу 1860-х гг. в общий богословский курс входили: 1) общее богословие, 2) догматическое, 3) нравственное, 4) пастырское, 5) библейская герменевтика, 6) чтение Священного Писания, 7) учение о вероисповеданиях, 8) патрология, 9) церковное законоведение, 10) церковное красноречие с историей проповедничества[169].

Увеличение числа богословских наук заставляло возлагать на одного преподавателя по 2–3 предмета внутри единого класса: Священное Писание, нравственное богословие и литургика; патрология, пастырское богословие и гомилетика; герменевтика, библейская история и каноническое право. Ожидать серьезной разработки – как научной, так и методологической – каждого предмета при таких условиях было трудно.

К разработке методов богословия лишь приступали: главным на этом этапе было преодоление плена старых латинских систем и форм. Попытка Устава 1814 г. активизировать богословскую мысль «практическим» богословием и преодолеть формулы «классических» книг имела результаты, но проявлялись они медленно[170]. Осваивались новые системы и методы, также западные, по преимуществу немецкие, но при этом разрабатывался самостоятельный богословский понятийный аппарат.

Многое значил .язык преподавания. Вопрос о переходе на русское чтение богословских лекций долго оставался проблемой. Латынь в академиях удалось потеснить уже в 1819 г.: было позволено преподавание богословия и на латыни, и на русском языке, по усмотрению ректора[171]. Хотя в 1825 г. было принято решение о возврате в преподавании богословия к строгой латыни и латинским «классическим книгам», новое латинское пленение русского богословия было недолгим и не строгим, и уже в начале 1830-х гг. во всех академиях богословие читали в основном на русском языке. Но русский научный язык строился на западной основе, поэтому заимствование и адаптация терминов долго составляли проблемы русской богословской науки[172].

Новизна проявлялась не только в языке: в академиях богословские лекции начали читаться по-новому, постепенно преодолевая схоластическую отвлеченность. Лекторы догматического богословия стремились к историческому изучению догматов в церковном предании, в лекциях по герменевтике и обличительному богословию появилось критическое направление