Северная Африка на протяжении тысячелетий оставалась объектом миграций из Южной Европы и Ближнего Востока. Ещё до финикийцев, осваивавших её берега с X в. до н. э., в XIII–XII вв. до н. э. территории нынешних Ливии и Египта испытали несколько нашествий т. н. народов моря, которые, по некоторым данным, включали в себя племена, родственные грекам, этрускам, народам Малой Азии. Греческие колонии в Египте и Ливии начали появляться примерно в VIII столетии до н. э. и активно развивались вплоть до завоевания Египта Александром Македонским, при наследниках которого – последней египетской династии Лагидов – древнеегипетский язык постепенно исчезает из обихода, уступая место греческому.

После включения Северной Африки в состав Римской империи латинский язык на некоторое время стал основным разговорным языком населения городов и вилл. Однако ни ему, ни греческому, ни финикийскому языку не суждено было закрепиться в Африке. В VII в. сюда приходит арабский язык, язык Корана и Арабского халифата, который в связке с исламом быстрыми темпами распространяется по всей Африке к северу от Сахары. Арабское завоевание – одна из крупнейших миграций в истории Африки, она продолжалась несколькими волнами вплоть до XIV–XV вв. Постепенно арабский язык стал доминировать не только в городах, но и в сельской местности, на него перешли потомки как древних египтян, так и других народов, населявших Северную Африку. К XV в. зона распространения арабского языка приобрела очертания, схожие с современными, охватывая территорию от Мавритании до Судана и от Туниса до Чада, в результате чего арабский язык по количеству носителей стал крупнейшим языком континента. Берберские языки, автохтонные языки Севера Африки, сохранились в сельской местности, а также среди кочевников Сахары – туарегов. На территории Африки сформировался ряд своеобразных разговорных разновидностей арабского языка, среди которых хассания – язык сахарских мавров Мавритании.

В Западной Африке формирование первых государств также способствовало кристаллизации племенных наречий в крупные языки. В числе таковых можно назвать языки сонинке (официальный язык в государстве Гана в VI–XI вв.), манден (группа близкородственных языков, происходящих из официального языка государства Мали в XIII–XV вв.) и канури (язык государства Канем-Борну). В период расцвета государства Сонгаи, крупнейшей империи Западной Африки (XV–XVI вв.), разновидности макроязыка сонгаи, некогда бытовавшего лишь в районе торгового города Гао, распространились на тысячи километров по долине Нигера. В Новое время на побережье Гвинейского залива формируются крупные макроязыки йоруба, акан, игбо, эдо – официальные языки правящей элиты местных народов и государств. Распад крупных государственных образований приводил к новым всплескам миграций населения: так в XV–XVII вв. народы, принадлежащие к языковой семьи манде, с территории Мали двинулись на юг и восток, заселив обширные области нынешних Гвинеи, Либерии, Сьерра-Леоне. Процесс продвижения с севера на юг, из саванны к побережью Гвинейского залива, в Западной Африке продолжался тысячелетиями. Сегодня едва ли не каждый народ региона хранит мифы о предках, пришедших с севера.

В Южной Африке создание государства Мономотапа ускорило процесс консолидации языка шона, в Королевстве Конго сформировался крупный язык конго, а создание союза племён зулу в начале XIX в. привело к формированию одноимённого языка из множества близкородственных диалектов банту. В Восточной Африке, на побережье Индийского океана, примерно с X в. на основе местных языков банту и при мощном влиянии арабского начинается формирование единого койне прибрежных торговых городов, известного как язык